More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2898 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A3556  p-cumate dioxygenase large subunit (CmtAb)  82.95 
 
 
434 aa  789    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.137255  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2898  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  100 
 
 
434 aa  907    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502891  normal  0.614972 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1758  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  55.67 
 
 
428 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37570  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  41.3 
 
 
424 aa  332  5e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.925134  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2778  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit:Rieske (2Fe-2S) region  34.42 
 
 
446 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.604479  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3096  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  32.23 
 
 
444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2368  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.48 
 
 
449 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.81 
 
 
492 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.3 
 
 
456 aa  226  6e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141435  normal  0.0753315 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4158  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  32.55 
 
 
475 aa  225  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08590  Benzoate-1,2-dioxygenase oxygenase component, alpha subunit  32.24 
 
 
453 aa  223  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1373  Rieske (2Fe-2S) region  32.23 
 
 
462 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1391  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.23 
 
 
462 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.109638  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1324  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.99 
 
 
442 aa  220  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2112  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.26 
 
 
463 aa  220  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  0.278449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2968  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  30.86 
 
 
452 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2719  benzoate 1,2-dioxygenase large subunit  30.4 
 
 
455 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1407  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.73 
 
 
462 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0632088  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3161  benzoate dioxygenase, alpha subunit  31.66 
 
 
452 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.123489  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.66 
 
 
452 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1134  ring hydroxylating dioxygenase alpha subunit  30.37 
 
 
462 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32080  toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  30.5 
 
 
455 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2688  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.41 
 
 
457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2710  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  29.79 
 
 
452 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.109533 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0473  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.44 
 
 
455 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2634  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.73 
 
 
450 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1297  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.52 
 
 
458 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5352  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.59 
 
 
455 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.587151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2321  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.16 
 
 
452 aa  210  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1267  Rieske (2Fe-2S) region  30.1 
 
 
460 aa  210  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2725  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  31.42 
 
 
455 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2581  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  31.42 
 
 
455 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1556  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.42 
 
 
455 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0187  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.42 
 
 
455 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132533  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1360  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.42 
 
 
455 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409258  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0215  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.42 
 
 
455 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1680  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  32.1 
 
 
447 aa  205  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4882  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha  29.72 
 
 
464 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179471  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6584  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.71 
 
 
452 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208794  normal  0.710082 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4403  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  29.86 
 
 
465 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2725  anthranilate 1,2-dioxygenase, large subunit  33.75 
 
 
464 aa  203  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.790052  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0538  Rieske (2Fe-2S) protein  30 
 
 
444 aa  201  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32160  anthranilate dioxygenase large subunit  33.5 
 
 
464 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.243379  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6299  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.2 
 
 
452 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410726 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3238  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.95 
 
 
452 aa  200  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.174297 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  32.25 
 
 
427 aa  200  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1364  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.26 
 
 
452 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0122744  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6131  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.71 
 
 
452 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1306  Rieske (2Fe-2S) region  30.46 
 
 
452 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6524  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.46 
 
 
452 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0915  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha BenA  30.08 
 
 
463 aa  199  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1761  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.07 
 
 
470 aa  199  9e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.104126 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1428  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.01 
 
 
452 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0496525  normal  0.359815 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.4 
 
 
427 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7046  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.62 
 
 
457 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.296981 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  31.46 
 
 
427 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  31.63 
 
 
427 aa  196  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.31 
 
 
427 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.46 
 
 
427 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1177  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.11 
 
 
452 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0599203  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.22 
 
 
427 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.46 
 
 
448 aa  195  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.29 
 
 
427 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1591  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.28 
 
 
452 aa  193  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109039  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1617  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.54 
 
 
455 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.541424  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1642  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.54 
 
 
455 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.973879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1668  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.54 
 
 
455 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.779225  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4071  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.75 
 
 
429 aa  186  7e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.177236  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0488  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.77 
 
 
455 aa  186  8e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5626  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.47 
 
 
458 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2237  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.57 
 
 
458 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0567  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.57 
 
 
458 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0662  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.64 
 
 
455 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.36 
 
 
427 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.21 
 
 
429 aa  176  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.83 
 
 
429 aa  176  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.942727 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.4 
 
 
443 aa  176  9e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212221  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2685  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase subunit alpha  28.33 
 
 
444 aa  173  6.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.136091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3192  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.37 
 
 
432 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3840  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.41 
 
 
450 aa  170  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1531  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.37 
 
 
433 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0185016 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0546  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.3 
 
 
466 aa  166  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3246  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit:Rieske (2Fe-2S) region  30.43 
 
 
456 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178778  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.05 
 
 
418 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42190  aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.17 
 
 
448 aa  162  9e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0579776  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1716  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.08 
 
 
466 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.77849  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1660  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.08 
 
 
466 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1689  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.08 
 
 
466 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.550846  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0435  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  32.88 
 
 
427 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00493775 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0537  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.08 
 
 
466 aa  161  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.689442  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5450  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  27.56 
 
 
471 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3901  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.82 
 
 
459 aa  158  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682799  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5847  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  27.56 
 
 
467 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0153324  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1698  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.55 
 
 
471 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.362681 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1647  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.55 
 
 
471 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.355106  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0632  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.55 
 
 
471 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.647669  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1673  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.55 
 
 
471 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0550  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.55 
 
 
471 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5647  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.55 
 
 
471 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.06 
 
 
430 aa  154  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>