135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0961 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 174 aa  353  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  99.43 
 
 		 174 aa  351  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  99.43 
 
 		 174 aa  351  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  93.68 
 
 		 174 aa  300  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  67.23 
 
 		 181 aa  234  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  67.24 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  62.5 
 
 		 175 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  61.36 
 
 		 175 aa  214  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  68.36 
 
 		 182 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  68.36 
 
 		 182 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  60.25 
 
 		 184 aa  188  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  35.93 
 
 		 176 aa  101  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  39.35 
 
 		 174 aa  95.5  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  30.9 
 
 		 190 aa  89  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  39.16 
 
 		 202 aa  87.8  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.95 
 
 		 180 aa  87  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.9 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.9 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.9 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.9 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.9 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  32.54 
 
 		 188 aa  84.7  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.26 
 
 		 185 aa  84.3  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.26 
 
 		 185 aa  84.3  7e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.26 
 
 		 185 aa  84.3  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.53 
 
 		 190 aa  84.3  7e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.26 
 
 		 185 aa  84.3  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.26 
 
 		 185 aa  84.3  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.26 
 
 		 185 aa  84.3  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.26 
 
 		 185 aa  84.3  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.25 
 
 		 189 aa  84  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  34.57 
 
 		 172 aa  82.8  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.62 
 
 		 185 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  34.62 
 
 		 185 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.21 
 
 		 190 aa  80.9  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  30.87 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.31 
 
 		 157 aa  79  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  31.03 
 
 		 200 aa  77.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.93 
 
 		 194 aa  77.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  30.12 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  30.72 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  30.77 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0357  OstA-like protein  30.13 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  31.48 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0368  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.78 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.166234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0410  putative signal peptide protein  30.07 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0265  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.37 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0292  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.37 
 
 		 195 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  31.79 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  32.03 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.49 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  27.89 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.79 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.42 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.12 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0335  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.1 
 
 		 227 aa  71.6  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.109601  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3708  OstA family protein  34.06 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  28.12 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  32.93 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0417  OstA family protein  29.38 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  32.41 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.59 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.59 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  29.07 
 
 		 177 aa  66.6  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.59 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  27.43 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  30.54 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.54 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  27.95 
 
 		 173 aa  64.7  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0346  OstA family protein  32.58 
 
 		 227 aa  64.3  0.0000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0776  OstA-like protein  29.41 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.896639  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  33.6 
 
 		 175 aa  63.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  30.72 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  30.86 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  31.5 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  30.72 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  30.72 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  30.72 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  30.72 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  30.72 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0899  hypothetical protein  27.33 
 
 		 169 aa  60.8  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  27.11 
 
 		 184 aa  60.8  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0868  hypothetical protein  27.33 
 
 		 169 aa  60.8  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  29.63 
 
 		 169 aa  60.5  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3086  OstA-like protein  30.46 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  30.22 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  28.49 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0305  OstA-like protein  27.95 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0576  OstA family protein  28.79 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0464  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.68 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.150432  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  26.63 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.03 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6119  OstA-like protein  32.26 
 
 		 221 aa  53.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.578391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2800  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.61 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.29652 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1615  OstA family protein  27.7 
 
 		 190 aa  52.8  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4541  OstA family protein  27.81 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2175  OstA-like protein  31.61 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2849  OstA family protein  31.68 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258721  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2789  OstA family protein  31.61 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.156758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>