87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0410 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0410  putative signal peptide protein  100 
 
 		 191 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0292  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  95.57 
 
 		 195 aa  312  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0265  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  96.15 
 
 		 195 aa  310  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0357  OstA-like protein  75 
 
 		 213 aa  260  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0305  OstA-like protein  70.62 
 
 		 214 aa  249  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  50.79 
 
 		 223 aa  197  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  57.76 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  50.79 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  51.72 
 
 		 205 aa  191  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  56.1 
 
 		 221 aa  190  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  55.21 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  55.21 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  55.21 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  55.21 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  55.21 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  55.21 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2789  OstA family protein  54.27 
 
 		 221 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.156758  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2175  OstA-like protein  54.27 
 
 		 221 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6119  OstA-like protein  54.27 
 
 		 221 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.578391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2800  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  53.66 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.29652 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2707  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  53.66 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0137528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2849  OstA family protein  53.66 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258721  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0526  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  53.05 
 
 		 221 aa  176  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3708  OstA family protein  52.91 
 
 		 214 aa  175  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0335  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  48 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.109601  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0417  OstA family protein  46.67 
 
 		 216 aa  155  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0150  OstA-like protein  48.17 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  43.53 
 
 		 190 aa  149  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  46.55 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.640265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0346  OstA family protein  48 
 
 		 227 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0776  OstA-like protein  43.95 
 
 		 213 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.896639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0464  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  46.54 
 
 		 239 aa  140  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.150432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  41.86 
 
 		 200 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  40 
 
 		 176 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  41.57 
 
 		 180 aa  121  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1615  OstA family protein  36.87 
 
 		 190 aa  121  5e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0576  OstA family protein  42.07 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  44.24 
 
 		 177 aa  117  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1910  OstA family protein  34.25 
 
 		 190 aa  105  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4227  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.08 
 
 		 211 aa  91.3  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.289947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  29.41 
 
 		 174 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  29.41 
 
 		 174 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.41 
 
 		 174 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.78 
 
 		 174 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  29.94 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  30.06 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  29.81 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  26.79 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  28.85 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  30.81 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  29.38 
 
 		 275 aa  62.8  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  28.39 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  29.89 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.02 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  28.57 
 
 		 175 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.78 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.5 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  31.18 
 
 		 177 aa  57.4  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  27.89 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.89 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  28.57 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.81 
 
 		 176 aa  52.8  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  26.95 
 
 		 176 aa  50.8  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  28.65 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  29.34 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  24.71 
 
 		 179 aa  48.5  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0956  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.56 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226208 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.29 
 
 		 157 aa  48.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  30.65 
 
 		 189 aa  48.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  27.07 
 
 		 157 aa  46.2  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  24.09 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  23.21 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  27.56 
 
 		 179 aa  45.1  0.0006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  31.11 
 
 		 175 aa  43.1  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  23.33 
 
 		 179 aa  42  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>