82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0672 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 228 aa  459  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.640265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0335  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  68.28 
 
 		 227 aa  281  8.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.109601  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0417  OstA family protein  76.14 
 
 		 216 aa  274  7e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0346  OstA family protein  67.7 
 
 		 227 aa  272  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0576  OstA family protein  64.88 
 
 		 217 aa  216  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3708  OstA family protein  58.17 
 
 		 214 aa  209  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0776  OstA-like protein  61.29 
 
 		 213 aa  209  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.896639  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  56.15 
 
 		 205 aa  201  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0464  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  57.67 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.150432  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  43.48 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  40.19 
 
 		 223 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0150  OstA-like protein  46.67 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  45.41 
 
 		 221 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  39.35 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2849  OstA family protein  44.85 
 
 		 221 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258721  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2707  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  44.85 
 
 		 221 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0137528 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0410  putative signal peptide protein  46.2 
 
 		 191 aa  157  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  44.79 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  44.79 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  44.79 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  44.79 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  44.79 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  44.79 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0357  OstA-like protein  43.68 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0526  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  44.85 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2800  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  44.33 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.29652 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2789  OstA family protein  44.33 
 
 		 221 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.156758  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2175  OstA-like protein  44.33 
 
 		 221 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6119  OstA-like protein  44.33 
 
 		 221 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.578391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0292  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  46.99 
 
 		 195 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0265  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  47.24 
 
 		 195 aa  151  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0305  OstA-like protein  43 
 
 		 214 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  40.32 
 
 		 190 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  37.63 
 
 		 176 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  41.28 
 
 		 180 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  35.19 
 
 		 200 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1910  OstA family protein  32.68 
 
 		 190 aa  95.5  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4227  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.97 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.289947 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  36.99 
 
 		 177 aa  91.7  9e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1615  OstA family protein  28.66 
 
 		 190 aa  79.3  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  25.24 
 
 		 275 aa  62  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.38 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.38 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.38 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.38 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.38 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.38 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.38 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.65 
 
 		 184 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.65 
 
 		 184 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.65 
 
 		 184 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.65 
 
 		 184 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.65 
 
 		 184 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  30.94 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.14 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  28.57 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.85 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  30.85 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.79 
 
 		 174 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  26.79 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  28.28 
 
 		 173 aa  54.7  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.96 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  26.74 
 
 		 172 aa  54.7  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  26.79 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.1 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.8 
 
 		 190 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  26.11 
 
 		 181 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.5 
 
 		 189 aa  52  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.27 
 
 		 190 aa  51.6  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  25.88 
 
 		 184 aa  51.2  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  25.95 
 
 		 181 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  28.09 
 
 		 175 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  29.52 
 
 		 175 aa  51.2  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  25.95 
 
 		 175 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25 
 
 		 174 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  30.57 
 
 		 180 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  25.15 
 
 		 182 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  25.73 
 
 		 182 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  25.47 
 
 		 180 aa  43.9  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  30.23 
 
 		 182 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.23 
 
 		 182 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  32.32 
 
 		 175 aa  42  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>