81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4227 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4227  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 211 aa  413  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.289947 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0150  OstA-like protein  46.54 
 
 		 209 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0776  OstA-like protein  40.99 
 
 		 213 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.896639  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  40.35 
 
 		 205 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  42.33 
 
 		 221 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  42.41 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  42.41 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  42.41 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  42.41 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  42.41 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  42.41 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  38.92 
 
 		 223 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3708  OstA family protein  38.32 
 
 		 214 aa  121  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2800  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  42.33 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.29652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2175  OstA-like protein  42.33 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2789  OstA family protein  42.33 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.156758  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2849  OstA family protein  42.33 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258721  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2707  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  42.33 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0137528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  38.38 
 
 		 223 aa  118  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6119  OstA-like protein  42.33 
 
 		 221 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.578391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.02 
 
 		 225 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0526  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  40.49 
 
 		 221 aa  112  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0357  OstA-like protein  39.49 
 
 		 213 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0417  OstA family protein  35.47 
 
 		 216 aa  105  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0305  OstA-like protein  40.61 
 
 		 214 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  37.93 
 
 		 176 aa  104  9e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0265  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  38.06 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0292  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.58 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0335  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.37 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.109601  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0410  putative signal peptide protein  36.77 
 
 		 191 aa  99.4  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  37.65 
 
 		 200 aa  97.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0464  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.91 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.150432  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.94 
 
 		 180 aa  95.5  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0576  OstA family protein  37.14 
 
 		 217 aa  95.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.33 
 
 		 228 aa  93.2  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.640265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  35.09 
 
 		 190 aa  93.2  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  37.5 
 
 		 177 aa  91.7  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0346  OstA family protein  35.37 
 
 		 227 aa  89.4  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  32.95 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1615  OstA family protein  27.17 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.56 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1910  OstA family protein  25.44 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  31.36 
 
 		 180 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  27.06 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  28.85 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0368  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.23 
 
 		 174 aa  53.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.166234 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  24.1 
 
 		 172 aa  52.8  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  26.71 
 
 		 184 aa  51.2  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.89 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.13 
 
 		 179 aa  49.7  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  25.45 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.72 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.62 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.62 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.72 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.62 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.62 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.62 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.72 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.72 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  27.04 
 
 		 175 aa  47.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2124  OstA family protein  27.59 
 
 		 175 aa  47.8  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.72 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.72 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.72 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  26.29 
 
 		 175 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0566  OstA-like protein  28.77 
 
 		 173 aa  46.6  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.256416  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.41 
 
 		 189 aa  46.2  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  27.88 
 
 		 175 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  27.43 
 
 		 180 aa  45.8  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  25.95 
 
 		 185 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.95 
 
 		 185 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  25.15 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  28.93 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.67 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  26.42 
 
 		 189 aa  43.1  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.63 
 
 		 190 aa  43.5  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  25.16 
 
 		 182 aa  41.6  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  25.81 
 
 		 170 aa  41.6  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  26.14 
 
 		 182 aa  41.2  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.23 
 
 		 174 aa  41.2  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>