86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0776 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0776  OstA-like protein  100 
 
 		 213 aa  424  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.896639  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4487  OstA-like protein  62.57 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149914 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3708  OstA family protein  60.95 
 
 		 214 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0335  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  58.91 
 
 		 227 aa  219  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.109601  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0417  OstA family protein  60.11 
 
 		 216 aa  212  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0346  OstA family protein  58.29 
 
 		 227 aa  211  5.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0464  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  56.93 
 
 		 239 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.150432  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  53.55 
 
 		 228 aa  195  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.640265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0576  OstA family protein  58.18 
 
 		 217 aa  182  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  51.63 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  52.27 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  52.27 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  52.27 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  52.27 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  52.27 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  52.27 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2789  OstA family protein  48.45 
 
 		 221 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.156758  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2175  OstA-like protein  48.45 
 
 		 221 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2800  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  48.45 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.29652 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2707  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  47.94 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0137528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2849  OstA family protein  47.94 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258721  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6119  OstA-like protein  47.94 
 
 		 221 aa  164  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.578391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0526  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  49.72 
 
 		 221 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  43.75 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0150  OstA-like protein  51.23 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  43.27 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  43.98 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0357  OstA-like protein  44.2 
 
 		 213 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0305  OstA-like protein  42.46 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0265  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  44.52 
 
 		 195 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0292  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  44.52 
 
 		 195 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0410  putative signal peptide protein  43.48 
 
 		 191 aa  142  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  41.48 
 
 		 190 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  42.46 
 
 		 176 aa  124  9e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  43.12 
 
 		 180 aa  121  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4227  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  40.12 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.289947 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  40.49 
 
 		 177 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  36.11 
 
 		 200 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1910  OstA family protein  34.69 
 
 		 190 aa  99  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1615  OstA family protein  34.44 
 
 		 190 aa  97.8  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.49 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  29.49 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  29.49 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.21 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  26.7 
 
 		 181 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  23.53 
 
 		 275 aa  57.4  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  22.22 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  28.32 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  30.06 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  26.99 
 
 		 184 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  28.49 
 
 		 175 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  28.09 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  30.66 
 
 		 175 aa  51.2  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  27.27 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  25.81 
 
 		 182 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  24.68 
 
 		 174 aa  48.9  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  29.05 
 
 		 185 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.05 
 
 		 185 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  23.08 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  25.81 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  23.73 
 
 		 172 aa  48.1  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.38 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.38 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.38 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.38 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.38 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  26.51 
 
 		 180 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  27.27 
 
 		 166 aa  45.1  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  25.41 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.97 
 
 		 194 aa  44.3  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  27.85 
 
 		 179 aa  43.9  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  26.45 
 
 		 173 aa  43.5  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  23.26 
 
 		 175 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0956  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.8 
 
 		 183 aa  43.1  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226208 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2124  OstA family protein  27.33 
 
 		 175 aa  43.1  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  26.14 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.67 
 
 		 157 aa  42.4  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.36 
 
 		 179 aa  42.4  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  40 
 
 		 197 aa  41.6  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>