87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0956 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_0956  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 
183 aa  372  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.226208 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  51.27 
 
 
176 aa  163  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  53.06 
 
 
176 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  57.55 
 
 
179 aa  160  9e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.9 
 
 
194 aa  77.4  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  27.33 
 
 
166 aa  67.8  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  28.82 
 
 
173 aa  67  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0305  OstA-like protein  30.26 
 
 
214 aa  64.7  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.71 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.71 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.71 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.71 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.71 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.71 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.71 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  31.52 
 
 
189 aa  63.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  31.29 
 
 
189 aa  62  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  29.03 
 
 
184 aa  62.4  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3375  OstA family protein  30.22 
 
 
193 aa  61.6  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.25365  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.09 
 
 
184 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.14 
 
 
185 aa  61.2  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  29.14 
 
 
185 aa  61.2  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0357  OstA-like protein  35.71 
 
 
213 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  28.4 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  28.4 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.4 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  30.72 
 
 
184 aa  59.7  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0566  OstA-like protein  31.16 
 
 
173 aa  58.9  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.256416  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  35.04 
 
 
157 aa  58.9  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.46 
 
 
184 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.29 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.46 
 
 
184 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.46 
 
 
184 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  29.94 
 
 
177 aa  58.5  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.46 
 
 
184 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.46 
 
 
184 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  29.89 
 
 
221 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  27.04 
 
 
184 aa  57.8  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.17 
 
 
190 aa  57.8  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.76 
 
 
190 aa  57.8  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  28.21 
 
 
172 aa  57  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.79 
 
 
196 aa  57  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.21 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  28.57 
 
 
183 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  28.14 
 
 
183 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3086  OstA-like protein  26.67 
 
 
184 aa  55.1  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3309  OstA family protein  25.31 
 
 
181 aa  54.7  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000684229  normal  0.786006 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  31.33 
 
 
221 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  31.33 
 
 
221 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  31.33 
 
 
221 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  31.33 
 
 
221 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  31.33 
 
 
221 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  31.33 
 
 
221 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  27.92 
 
 
183 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0728  OstA family protein  26.45 
 
 
217 aa  54.3  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  25.14 
 
 
180 aa  53.1  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.5 
 
 
225 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  28.8 
 
 
275 aa  50.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  27.54 
 
 
177 aa  49.7  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3614  cell envelope biogenesis YhbN  24.12 
 
 
179 aa  49.3  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0599225  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4541  OstA family protein  26.71 
 
 
201 aa  49.3  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.28 
 
 
157 aa  48.1  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  24.71 
 
 
189 aa  47.8  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  28.69 
 
 
179 aa  47.8  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0410  putative signal peptide protein  31.62 
 
 
191 aa  47.4  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  30.6 
 
 
200 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  32.53 
 
 
181 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2800  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.33 
 
 
221 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.29652 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  28.83 
 
 
161 aa  44.7  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.21 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.21 
 
 
181 aa  44.7  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.21 
 
 
181 aa  44.7  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  28.21 
 
 
184 aa  43.9  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0335  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.46 
 
 
227 aa  44.3  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.109601  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3959  hypothetical protein  28.57 
 
 
183 aa  43.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0658  OstA family protein  27.78 
 
 
152 aa  43.1  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.301146  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  23.78 
 
 
180 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.85 
 
 
180 aa  43.5  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6119  OstA-like protein  30.26 
 
 
221 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.578391  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.75 
 
 
228 aa  43.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.640265  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.85 
 
 
174 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2789  OstA family protein  28.02 
 
 
221 aa  42.7  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.156758  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0107  OstA family protein  35.9 
 
 
180 aa  42.4  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.587032 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2175  OstA-like protein  28.02 
 
 
221 aa  42.7  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2707  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.22 
 
 
221 aa  41.2  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0137528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2849  OstA family protein  27.22 
 
 
221 aa  41.2  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258721  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0526  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.47 
 
 
221 aa  40.8  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>