More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0779 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0779  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
232 aa  470  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0946861  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0738  hypothetical protein  78.45 
 
 
232 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4451  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.4 
 
 
232 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928751  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0766  hypothetical protein  76.08 
 
 
209 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 
260 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 
251 aa  121  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 
262 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.02 
 
 
250 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
250 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
250 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.7 
 
 
262 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
264 aa  93.6  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.29 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
249 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.88 
 
 
275 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.32 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.22 
 
 
260 aa  73.2  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.52 
 
 
266 aa  72  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 
266 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.61 
 
 
266 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.61 
 
 
266 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  25.33 
 
 
256 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  23.39 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  21.97 
 
 
238 aa  65.9  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.23 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02039  short chain oxidoreductase (CsgA), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00910)  35.37 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.049775  normal  0.21203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.32 
 
 
280 aa  65.5  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
282 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.22 
 
 
279 aa  64.3  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.11 
 
 
266 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.75 
 
 
263 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
282 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.75 
 
 
248 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.84 
 
 
266 aa  62.8  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.84 
 
 
257 aa  61.6  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 
239 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.53 
 
 
253 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  30.85 
 
 
274 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
232 aa  60.1  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.798057  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
279 aa  60.1  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.38 
 
 
248 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.38 
 
 
248 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 
268 aa  60.1  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.57 
 
 
251 aa  59.7  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.23 
 
 
259 aa  59.7  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
283 aa  59.7  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  28.24 
 
 
282 aa  59.3  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
275 aa  58.9  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.97 
 
 
258 aa  58.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 
282 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
279 aa  57  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.79 
 
 
259 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.13 
 
 
239 aa  56.6  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
272 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
252 aa  56.6  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.46 
 
 
260 aa  56.2  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0717939  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.88 
 
 
256 aa  55.8  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
281 aa  55.8  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  26.82 
 
 
303 aa  55.5  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
277 aa  55.5  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  30.32 
 
 
278 aa  55.5  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.46 
 
 
238 aa  55.5  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.96 
 
 
248 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.47 
 
 
281 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
253 aa  54.3  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.623441 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.27 
 
 
248 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.09 
 
 
273 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  23.44 
 
 
249 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.34 
 
 
292 aa  53.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.5 
 
 
283 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820059  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 
265 aa  53.9  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.32 
 
 
247 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
253 aa  54.3  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  23.08 
 
 
248 aa  53.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  23.79 
 
 
249 aa  53.1  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.75 
 
 
275 aa  53.5  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
248 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.22 
 
 
257 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3894  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
248 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 
283 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.87 
 
 
276 aa  53.1  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  26.94 
 
 
283 aa  53.1  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.68 
 
 
258 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.899344  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.21 
 
 
299 aa  52.8  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.362258 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.52 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
248 aa  52.4  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
237 aa  52.4  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0285855 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.29 
 
 
274 aa  52.4  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0106192 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.35 
 
 
252 aa  52.4  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  23.79 
 
 
249 aa  52  0.000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
286 aa  52  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.5 
 
 
311 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  24.75 
 
 
280 aa  52  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
250 aa  52  0.000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0530041  hitchhiker  0.00231678 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
248 aa  52  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.5 
 
 
247 aa  52  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>