More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2099 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 250 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.91 
 
 		 250 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  80.32 
 
 		 250 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.92 
 
 		 250 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.35 
 
 		 251 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 		 262 aa  294  7e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 		 260 aa  285  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  58 
 
 		 262 aa  279  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 		 264 aa  226  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 		 260 aa  204  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 		 266 aa  178  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 		 266 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.3 
 
 		 266 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.58 
 
 		 275 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 		 249 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 266 aa  168  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 		 266 aa  168  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 		 266 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 		 239 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 		 249 aa  165  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.8 
 
 		 253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.56 
 
 		 266 aa  161  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 		 256 aa  160  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 277 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  39.42 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 		 240 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  38.17 
 
 		 241 aa  155  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  38.06 
 
 		 239 aa  154  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 251 aa  151  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  36.95 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.83 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 260 aa  142  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 260 aa  141  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 		 265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 		 254 aa  130  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 		 243 aa  128  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 251 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0779  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.11 
 
 		 232 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0946861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 		 261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 		 256 aa  116  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0738  hypothetical protein  32.71 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 		 264 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  33.62 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  34.41 
 
 		 261 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  32.53 
 
 		 259 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  32.53 
 
 		 259 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 		 259 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4451  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.26 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.99 
 
 		 260 aa  105  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16295  predicted protein  32.58 
 
 		 237 aa  105  5e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0303319  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  32.58 
 
 		 251 aa  105  7e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  34.74 
 
 		 249 aa  102  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 		 259 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 272 aa  102  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0766  hypothetical protein  32.14 
 
 		 209 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 		 253 aa  99  6e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 256 aa  99  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 		 244 aa  99  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.91 
 
 		 272 aa  99  7e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 		 270 aa  98.6  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  35.17 
 
 		 250 aa  98.6  9e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  34 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 		 257 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.499263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>