More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4738 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 260 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.9 
 
 		 262 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.97 
 
 		 251 aa  340  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  63.85 
 
 		 262 aa  329  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 		 250 aa  281  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.43 
 
 		 250 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 		 250 aa  271  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 		 250 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 		 264 aa  235  6e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.76 
 
 		 266 aa  189  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 		 266 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 		 266 aa  188  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 		 266 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 		 275 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 		 266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 		 266 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 		 266 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 		 252 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 		 266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 		 240 aa  175  6e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 		 249 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.87 
 
 		 253 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 		 238 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 		 265 aa  156  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  34.68 
 
 		 256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.86 
 
 		 251 aa  142  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 		 259 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  35.34 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 		 257 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 		 243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0738  hypothetical protein  32.17 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  34.16 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  35.39 
 
 		 241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 		 245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 260 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0779  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.34 
 
 		 232 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0946861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 251 aa  125  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4451  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 		 232 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 260 aa  125  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 		 258 aa  122  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.93 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 282 aa  118  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  35.24 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 		 254 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 		 240 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  34.11 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0766  hypothetical protein  29.86 
 
 		 209 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  33.49 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.23 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 		 256 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 		 251 aa  103  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 		 267 aa  102  7e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 		 264 aa  102  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 		 257 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  32.34 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 259 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 259 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.67 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  36.45 
 
 		 261 aa  99.4  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  36.45 
 
 		 261 aa  99.4  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 		 253 aa  99  7e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 		 273 aa  98.6  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 		 269 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0389  short chain dehydrogenase  36.81 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  33.67 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  31.42 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  30.97 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>