More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2218 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  100 
 
 
249 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  74.7 
 
 
249 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  73.68 
 
 
250 aa  394  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  60.73 
 
 
250 aa  309  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  57.32 
 
 
251 aa  302  4.0000000000000003e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 
250 aa  287  1e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  55.82 
 
 
292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  54.84 
 
 
289 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 
291 aa  282  4.0000000000000003e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
247 aa  250  1e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 
249 aa  244  8e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 
249 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 
249 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  49.18 
 
 
249 aa  238  5e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  47.77 
 
 
253 aa  238  5e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  48.13 
 
 
249 aa  236  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
245 aa  228  6e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01994  short chain dehydrogenase  76.92 
 
 
130 aa  207  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000979327  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
260 aa  207  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
242 aa  126  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
259 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  33.63 
 
 
259 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  33.63 
 
 
259 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
249 aa  108  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
259 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
249 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  28.87 
 
 
256 aa  105  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 
238 aa  104  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
256 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
250 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00618  conserved hypothetical protein  32.83 
 
 
268 aa  102  6e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.767704 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  30.97 
 
 
252 aa  102  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80053  NADP(+)-dependent dehydrogenase acts on serine, L-allo-threonine, and other 3-hydroxy acids  35.86 
 
 
269 aa  102  6e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  29.96 
 
 
246 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
257 aa  101  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
254 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.08 
 
 
262 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
257 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
257 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.61 
 
 
264 aa  100  2e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
257 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
252 aa  99.8  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
247 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.27 
 
 
264 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
247 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.11 
 
 
264 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
257 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  31.5 
 
 
257 aa  99.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  33.67 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
262 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 
265 aa  98.6  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
257 aa  98.6  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 
261 aa  98.6  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
266 aa  97.8  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
293 aa  97.4  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
257 aa  97.4  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 
250 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0344  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  23.41 
 
 
265 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  32.5 
 
 
257 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.44 
 
 
253 aa  96.7  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0353  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  23.36 
 
 
265 aa  96.7  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.45647  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 
280 aa  96.3  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
251 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
245 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
291 aa  95.1  9e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.16 
 
 
258 aa  95.1  9e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
291 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
281 aa  94.7  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 
262 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1376  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  31.58 
 
 
250 aa  94.7  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  30.73 
 
 
344 aa  94.7  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  30.14 
 
 
291 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
268 aa  94.4  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.83 
 
 
264 aa  94  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
291 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 
265 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00179  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G11240)  31.34 
 
 
313 aa  93.6  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.983253  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
260 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.81 
 
 
250 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
237 aa  93.6  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62919  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
257 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.58 
 
 
264 aa  92.8  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
251 aa  92.8  4e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.17 
 
 
256 aa  92.8  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
251 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
291 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  29.39 
 
 
260 aa  92.8  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
253 aa  92.4  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
238 aa  92.4  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  28.74 
 
 
246 aa  92  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.61 
 
 
247 aa  92  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>