More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0738 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0738  hypothetical protein  100 
 
 
232 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0766  hypothetical protein  93.78 
 
 
209 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0779  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  78.45 
 
 
232 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0946861  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4451  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.81 
 
 
232 aa  324  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928751  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
251 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
250 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
250 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.49 
 
 
250 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.94 
 
 
262 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
264 aa  92.4  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.75 
 
 
252 aa  79.3  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
283 aa  74.3  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.85 
 
 
275 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.74 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
249 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.58 
 
 
257 aa  69.3  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 
282 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 
266 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.11 
 
 
280 aa  68.9  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.09 
 
 
266 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 
266 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  26.87 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
266 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.62 
 
 
266 aa  64.7  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.39 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  29.86 
 
 
303 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 
276 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  23.15 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
266 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
266 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.98 
 
 
273 aa  63.2  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  26.82 
 
 
249 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.88 
 
 
253 aa  62  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02039  short chain oxidoreductase (CsgA), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00910)  30.14 
 
 
251 aa  62  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.049775  normal  0.21203 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  27.04 
 
 
284 aa  62  0.000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
273 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.39 
 
 
257 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  0.0943454 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  28.12 
 
 
249 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.79 
 
 
256 aa  61.6  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.14 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
275 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.34 
 
 
258 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.899344  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  27.14 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.87 
 
 
281 aa  59.7  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.05 
 
 
277 aa  59.7  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
282 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3826  short chain dehydrogenase  26.29 
 
 
234 aa  59.7  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.273342  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.13 
 
 
247 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 
292 aa  59.3  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
232 aa  58.9  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.798057  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1489  short chain dehydrogenase  26.55 
 
 
249 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129489  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.41 
 
 
276 aa  58.5  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  26.34 
 
 
274 aa  57.8  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  22.6 
 
 
283 aa  58.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 
279 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
268 aa  57.8  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  26.32 
 
 
278 aa  57.4  0.0000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
266 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.1 
 
 
279 aa  57.4  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.93 
 
 
270 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25000  short-chain alcohol dehydrogenase  29.94 
 
 
241 aa  57  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  22.7 
 
 
249 aa  56.6  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.63 
 
 
258 aa  56.6  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.61 
 
 
276 aa  57  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  25.82 
 
 
286 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
217 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.733178  normal  0.764355 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  22.34 
 
 
256 aa  55.8  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
249 aa  55.8  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.24 
 
 
284 aa  56.2  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0904903  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.16 
 
 
276 aa  56.2  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  23.59 
 
 
278 aa  55.5  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 
285 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0374  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.76 
 
 
244 aa  55.5  0.0000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.333975  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
250 aa  55.5  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.78 
 
 
257 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
248 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  21.62 
 
 
249 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
252 aa  54.7  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4111  short chain dehydrogenase  28.17 
 
 
253 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.173439 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.57 
 
 
254 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00656937 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  21.27 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
248 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
248 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.74 
 
 
258 aa  54.7  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3998  short chain dehydrogenase  28.17 
 
 
253 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  22.16 
 
 
249 aa  53.9  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  24.16 
 
 
280 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.34 
 
 
263 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.35 
 
 
255 aa  53.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  22.22 
 
 
249 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 
244 aa  53.9  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.11 
 
 
258 aa  53.5  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0971  Short-chain alcohol dehydrogenase  25.81 
 
 
287 aa  53.9  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.86 
 
 
249 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>