More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3312 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  526  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  44.9 
 
 
249 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 
250 aa  205  6e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  44.9 
 
 
249 aa  202  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  45.16 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  45.6 
 
 
289 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 
250 aa  194  9e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  44.8 
 
 
291 aa  191  1e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  44.8 
 
 
292 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  43.28 
 
 
249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  41.87 
 
 
251 aa  179  4e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
247 aa  177  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
249 aa  176  4e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  42.02 
 
 
253 aa  172  5e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
249 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
249 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
249 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 
261 aa  157  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 
259 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  38.3 
 
 
256 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
259 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  35.95 
 
 
259 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
266 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  35.54 
 
 
259 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  37.19 
 
 
267 aa  132  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  35.54 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  35.54 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  35.54 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  35.54 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  35.54 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 
270 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 
270 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  128  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
246 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
246 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
326 aa  125  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
264 aa  125  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  38.75 
 
 
254 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
273 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
257 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  36.89 
 
 
265 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
247 aa  123  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
247 aa  122  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.33 
 
 
264 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.33 
 
 
264 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.14 
 
 
264 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.33 
 
 
264 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.33 
 
 
264 aa  121  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  35.14 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.33 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.11 
 
 
248 aa  119  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.68 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
254 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.14 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  32.37 
 
 
261 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  32.37 
 
 
261 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
267 aa  117  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
277 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
279 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
285 aa  115  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
269 aa  115  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
267 aa  115  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
253 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
246 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
250 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  32.53 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
256 aa  113  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
335 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0648553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>