More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5047 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
281 aa  550  1e-156  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  64.75 
 
 
278 aa  352  4e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  63.04 
 
 
279 aa  338  5e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  58.84 
 
 
274 aa  309  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  55.76 
 
 
276 aa  299  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
275 aa  271  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1744  short chain dehydrogenase  54.18 
 
 
275 aa  258  9e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324234  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.99 
 
 
278 aa  227  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
293 aa  221  8e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
274 aa  218  6e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  43.01 
 
 
274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
274 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
274 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
274 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
275 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  42.44 
 
 
285 aa  202  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  46.07 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  46.44 
 
 
280 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.88 
 
 
276 aa  193  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.88 
 
 
280 aa  189  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
277 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 
284 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
273 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
283 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
286 aa  185  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
286 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  40.14 
 
 
286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.35 
 
 
281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
291 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
284 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
291 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
291 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
291 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.32 
 
 
273 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
279 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  37.99 
 
 
282 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
290 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
285 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.81 
 
 
281 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
276 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
279 aa  175  8e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
280 aa  175  8e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 
286 aa  174  9.999999999999999e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
290 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
282 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.935944  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  37.05 
 
 
284 aa  173  1.9999999999999998e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
282 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.426918 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  40.23 
 
 
280 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
305 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
283 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
272 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
282 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
276 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
280 aa  169  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
280 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
290 aa  168  9e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
290 aa  168  9e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.507857  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
279 aa  166  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.91 
 
 
272 aa  165  6.9999999999999995e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
276 aa  165  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
271 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
267 aa  163  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  38.73 
 
 
280 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
273 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.01823 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.05 
 
 
276 aa  162  6e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
281 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
282 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
282 aa  161  9e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
268 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
284 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
273 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 
288 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12080  short-chain alcohol dehydrogenase  42.91 
 
 
266 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
296 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
283 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366194  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
284 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.07 
 
 
285 aa  159  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
268 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
275 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
283 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  36.23 
 
 
278 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.07 
 
 
276 aa  155  7e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
279 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
283 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451559  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 
287 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>