More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2103 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 311 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.63 
 
 		 283 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820059  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.21 
 
 		 284 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.67 
 
 		 283 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6077  oxidoreductase  67.97 
 
 		 285 aa  384  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.67 
 
 		 283 aa  306  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.9 
 
 		 289 aa  281  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 		 285 aa  279  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 		 279 aa  221  9e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 281 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  42.38 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 285 aa  155  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 		 769 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.508035  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  35 
 
 		 279 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  33.94 
 
 		 275 aa  134  3e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.72 
 
 		 281 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37020  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  44.21 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 		 272 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.25 
 
 		 273 aa  129  8.000000000000001e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  34.86 
 
 		 278 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 		 287 aa  129  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 		 276 aa  129  9.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 		 273 aa  129  9.000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  33.94 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  33.57 
 
 		 344 aa  126  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 275 aa  125  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 		 269 aa  123  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  33.57 
 
 		 277 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 		 275 aa  123  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 280 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.25 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 		 277 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 275 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 		 288 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 		 281 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 		 277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  31.54 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 		 256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  39.38 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 		 267 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 		 272 aa  115  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  34.36 
 
 		 274 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  32.51 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 		 260 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1225  short chain dehydrogenase  32.85 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.05 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 		 256 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 		 268 aa  113  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 279 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 		 276 aa  112  6e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  31.6 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  30.8 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 		 265 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  36.01 
 
 		 277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 		 270 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  30.25 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  32.18 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.71 
 
 		 264 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.71 
 
 		 264 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.71 
 
 		 264 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.01 
 
 		 275 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  30.63 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>