More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3338 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
283 aa  567  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820059  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.63 
 
 
311 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.87 
 
 
284 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6077  oxidoreductase  68.68 
 
 
285 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.49 
 
 
283 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 
283 aa  303  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
289 aa  289  3e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 
285 aa  280  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
281 aa  216  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
285 aa  165  9e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
289 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  42.03 
 
 
304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  35.71 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 
286 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
286 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.28 
 
 
273 aa  135  9e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
344 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  35.54 
 
 
278 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  35.02 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
769 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.508035  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
290 aa  133  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
273 aa  132  6.999999999999999e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
317 aa  132  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
272 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
285 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
276 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 
283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  34.49 
 
 
270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 
256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 
270 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  34.03 
 
 
277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.16 
 
 
281 aa  126  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  34.15 
 
 
271 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 
284 aa  125  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 
300 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37020  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.8 
 
 
279 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
281 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
275 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
270 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
276 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  35.88 
 
 
278 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
258 aa  123  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 
277 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
258 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 
277 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
258 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
269 aa  122  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
288 aa  122  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  34.16 
 
 
280 aa  122  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
281 aa  122  9e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.39 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  35.41 
 
 
277 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
278 aa  120  3e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  32.36 
 
 
271 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  41.45 
 
 
268 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 
271 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  36.58 
 
 
277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1225  short chain dehydrogenase  34.3 
 
 
276 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
260 aa  118  9e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
276 aa  118  9e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  33.88 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  36.81 
 
 
277 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 
267 aa  117  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  32.87 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  32.62 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  32.04 
 
 
272 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
282 aa  116  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
272 aa  116  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
272 aa  115  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  31.94 
 
 
283 aa  115  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
272 aa  115  7.999999999999999e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 
256 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  33.09 
 
 
276 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  33.7 
 
 
269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 
269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 
269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 
269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 
269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  33.77 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 
256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>