47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1276 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  100 
 
 		 82 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1078  AbrB family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 82 aa  117  6e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.532244  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1154  transcriptional regulator, AbrB family  53.75 
 
 		 89 aa  96.7  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134363  normal  0.0192222 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1219  transcriptional regulator, AbrB family  56.25 
 
 		 89 aa  95.1  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 82 aa  92.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2444  hypothetical protein  39.24 
 
 		 79 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3694  AbrB family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 94 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  40 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5677  AbrB family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6993  AbrB family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0781681 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3177  AbrB family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3606  Regulators of stationary/sporulation gene expression protein  34.62 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3494  AbrB family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 81 aa  55.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3009  AbrB family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 79 aa  52.4  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3222  AbrB family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 82 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2538  AbrB family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0127066  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4259  AbrB family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4189  AbrB family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 105 aa  46.2  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47354  normal  0.440308 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2400  transcriptional regulator, AbrB family  40 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.303148  hitchhiker  0.00489815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  51.22 
 
 		 105 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3235  transcriptional regulator, AbrB family  44.64 
 
 		 103 aa  45.4  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 128 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24980  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  41.54 
 
 		 85 aa  44.7  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0316  AbrB family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 82 aa  43.9  0.0007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0376  AbrB family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.914517  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3255  transcriptional regulator, AbrB family  31.65 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4887  AbrB family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.510239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  47.5 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27080  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  37.21 
 
 		 117 aa  42  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.674959 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2685  transcriptional regulator, AbrB family  47.5 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.561513  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1365  hypothetical protein  40.38 
 
 		 81 aa  41.6  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.902317  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2557  transcriptional regulator, AbrB family  32.39 
 
 		 77 aa  41.2  0.004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2925  transcriptional regulator, AbrB family  43.59 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.621322  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0622  transcriptional regulator, AbrB family  35.71 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.758267  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5361  AbrB family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 106 aa  40.8  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3218  transcriptional regulator, AbrB family  43.59 
 
 		 83 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.55751 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1206  transcriptional regulator, AbrB family  33.33 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000319684  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25030  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  51.35 
 
 		 79 aa  40.4  0.008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0687  AbrB family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 92 aa  40.4  0.009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000068736  unclonable  0.00000000733097 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2044  AbrB family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 82 aa  40  0.01  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2482  transcriptional regulator, AbrB family  38.46 
 
 		 88 aa  40  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>