35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5677 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5677  AbrB family transcriptional regulator  100 
 
 		 81 aa  165  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6993  AbrB family transcriptional regulator  92.59 
 
 		 81 aa  154  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0781681 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3177  AbrB family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2444  hypothetical protein  48.57 
 
 		 79 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 82 aa  62  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1078  AbrB family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 82 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.532244  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  41.56 
 
 		 82 aa  57.4  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1154  transcriptional regulator, AbrB family  43.24 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134363  normal  0.0192222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0660  AbrB family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24980  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  44 
 
 		 85 aa  52.4  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3606  Regulators of stationary/sporulation gene expression protein  39.19 
 
 		 102 aa  51.2  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4259  AbrB family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  36 
 
 		 82 aa  48.1  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1219  transcriptional regulator, AbrB family  39.19 
 
 		 89 aa  47.8  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4887  AbrB family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 74 aa  47.4  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.510239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3351  AbrB family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4165  AbrB family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0253396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4816  AbrB family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27080  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  44.68 
 
 		 117 aa  46.2  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.674959 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6766  AbrB family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.185258 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1055  transcriptional regulator, AbrB family  41.82 
 
 		 83 aa  45.4  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155032  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3694  AbrB family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  51.52 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  50 
 
 		 74 aa  44.3  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3235  transcriptional regulator, AbrB family  34.57 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0068  AbrB family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.499892  normal  0.748318 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3494  AbrB family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3009  AbrB family transcriptional regulator  36 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3185  hypothetical protein  65.52 
 
 		 170 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000762483 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1521  transcriptional regulator, AbrB family  31.25 
 
 		 97 aa  42  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0407  AbrB family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 81 aa  41.6  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000503263  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3022  SpoVT/AbrB domain-containing protein  30.56 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.517094 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2120  AbrB family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.181365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2561  SpoVT/AbrB domain-containing protein  56.25 
 
 		 76 aa  40  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.645302  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>