51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4882 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  100 
 
 		 74 aa  148  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3006  AbrB family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 76 aa  75.9  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3648  transcriptional regulator, AbrB family  50 
 
 		 86 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2466  transcriptional regulator, AbrB family  50 
 
 		 86 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0644714 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1648  AbrB family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 74 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.756068  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  48 
 
 		 82 aa  53.5  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 105 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 128 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3733  transcriptional regulator, AbrB family  37.88 
 
 		 84 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0338094 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1976  regulators of stationary/sporulation gene expression  43.18 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3101  transcriptional regulator, AbrB family  50 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1166  AbrB family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 102 aa  48.9  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000565949  normal  0.132039 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0560  transcriptional regulator, AbrB family  50 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.052121  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  46.67 
 
 		 105 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4189  AbrB family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 105 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47354  normal  0.440308 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3222  AbrB family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 82 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5677  AbrB family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0687  AbrB family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 92 aa  44.3  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000068736  unclonable  0.00000000733097 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1206  transcriptional regulator, AbrB family  45 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000319684  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4259  AbrB family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2441  transcriptional regulator, AbrB family  29.33 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.189768  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0622  transcriptional regulator, AbrB family  42.5 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.758267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 82 aa  43.5  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6993  AbrB family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0781681 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3255  transcriptional regulator, AbrB family  45.24 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2925  transcriptional regulator, AbrB family  47.62 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.621322  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  32.43 
 
 		 82 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  46.34 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2596  AbrB family transcriptional regulator  50 
 
 		 79 aa  41.6  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567347  normal  0.158945 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0720  transcriptional regulator, AbrB family  36.59 
 
 		 87 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.032212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 128 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3606  Regulators of stationary/sporulation gene expression protein  43.59 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0316  AbrB family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 84 aa  41.2  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3218  transcriptional regulator, AbrB family  40.54 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.55751 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1154  transcriptional regulator, AbrB family  47.5 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134363  normal  0.0192222 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1078  AbrB family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 82 aa  41.2  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.532244  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  48.65 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1308  AbrB family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.491223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3730  putative regulator PrlF  43.48 
 
 		 108 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.538675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 78 aa  40.8  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4012  putative regulator PrlF  43.48 
 
 		 108 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.399384  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3351  AbrB family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4816  AbrB family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4165  AbrB family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0253396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0376  AbrB family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.914517  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0198  transcriptional regulator, AbrB family  32.35 
 
 		 89 aa  40.4  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000131897  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2482  transcriptional regulator, AbrB family  33.33 
 
 		 88 aa  40  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0741  transcriptional regulator, AbrB family  33.33 
 
 		 77 aa  40.4  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0216601  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2444  hypothetical protein  47.37 
 
 		 79 aa  40  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0686  AbrB family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 82 aa  40  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000129659  unclonable  0.00000000733097 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>