36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3177 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3177  AbrB family transcriptional regulator  100 
 
 		 94 aa  188  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5677  AbrB family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 81 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6993  AbrB family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0781681 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2444  hypothetical protein  43.48 
 
 		 79 aa  67  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1154  transcriptional regulator, AbrB family  42.47 
 
 		 89 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134363  normal  0.0192222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4259  AbrB family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  42.47 
 
 		 82 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 82 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24980  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  43.66 
 
 		 85 aa  55.5  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6766  AbrB family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.185258 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3606  Regulators of stationary/sporulation gene expression protein  44.16 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2044  AbrB family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3009  AbrB family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 79 aa  47.8  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0660  AbrB family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 80 aa  47.8  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4887  AbrB family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 74 aa  47  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.510239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3022  SpoVT/AbrB domain-containing protein  33.33 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.517094 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4165  AbrB family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0253396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3351  AbrB family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1219  transcriptional regulator, AbrB family  35 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4816  AbrB family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1055  transcriptional regulator, AbrB family  42.65 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155032  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1078  AbrB family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.532244  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3694  AbrB family transcriptional regulator  60 
 
 		 94 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2596  AbrB family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 79 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567347  normal  0.158945 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2120  AbrB family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.181365  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0274  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.51 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  56.67 
 
 		 94 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3222  AbrB family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 82 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1521  transcriptional regulator, AbrB family  36.23 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25030  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  40 
 
 		 79 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2538  AbrB family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 89 aa  40.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0127066  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0976  transcriptional regulator, AbrB family  36.96 
 
 		 92 aa  40.8  0.007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.73143  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3235  transcriptional regulator, AbrB family  35.94 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1458  transcriptional regulator, AbrB family  38.18 
 
 		 74 aa  40  0.01  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.75174  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 82 aa  40  0.01  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>