45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3502 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  100 
 
 		 94 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3694  AbrB family transcriptional regulator  87.23 
 
 		 94 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  40 
 
 		 82 aa  57.8  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0376  AbrB family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.914517  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 128 aa  51.6  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 128 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1078  AbrB family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 82 aa  50.1  0.000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.532244  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 82 aa  50.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 128 aa  49.7  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3235  transcriptional regulator, AbrB family  44.23 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3222  AbrB family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1154  transcriptional regulator, AbrB family  42.19 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134363  normal  0.0192222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4259  AbrB family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 75 aa  47.4  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 105 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1521  transcriptional regulator, AbrB family  36 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5677  AbrB family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 81 aa  44.7  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2444  hypothetical protein  47.62 
 
 		 79 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  53.33 
 
 		 105 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1988  transcriptional regulator, AbrB family  38.46 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000759874  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  57.5 
 
 		 105 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2596  AbrB family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567347  normal  0.158945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4189  AbrB family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47354  normal  0.440308 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24980  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  34.78 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0316  AbrB family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0274  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.46 
 
 		 83 aa  42.7  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6993  AbrB family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0781681 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2482  transcriptional regulator, AbrB family  36.54 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3177  AbrB family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 94 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1495  transcriptional regulator, AbrB family  35.85 
 
 		 81 aa  42  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.370558  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1219  transcriptional regulator, AbrB family  38.64 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3733  transcriptional regulator, AbrB family  44.23 
 
 		 84 aa  41.2  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0338094 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4165  AbrB family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0253396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4816  AbrB family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25030  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  48.78 
 
 		 79 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3351  AbrB family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4887  AbrB family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 74 aa  40.8  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.510239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1710  transcriptional regulator, AbrB family  25.76 
 
 		 81 aa  40.4  0.007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0924119 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0622  transcriptional regulator, AbrB family  42.86 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.758267  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1206  transcriptional regulator, AbrB family  42.86 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000319684  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2538  AbrB family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 89 aa  40.4  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0127066  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 82 aa  40.8  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3255  transcriptional regulator, AbrB family  51.52 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0198  transcriptional regulator, AbrB family  34.62 
 
 		 89 aa  40  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000131897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>