42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3434 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  100 
 
 		 128 aa  254  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  88.28 
 
 		 128 aa  226  7e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  85.16 
 
 		 128 aa  219  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4189  AbrB family transcriptional regulator  81.9 
 
 		 105 aa  170  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47354  normal  0.440308 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  81.9 
 
 		 105 aa  166  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  74.29 
 
 		 105 aa  153  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  70.48 
 
 		 105 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5361  AbrB family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1268  putative regulator PrlF  38 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03514  HtaR suppressor protein  36.46 
 
 		 109 aa  58.5  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111816  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1415  putative regulator PrlF  45.71 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1133  putative regulator PrlF  47.62 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1413  putative regulator PrlF  47.62 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5838  putative regulator PrlF  34.07 
 
 		 110 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4640  putative regulator PrlF  43.75 
 
 		 113 aa  50.1  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 74 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  62.5 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0282  putative regulator PrlF  39.36 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1154  transcriptional regulator, AbrB family  32.56 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134363  normal  0.0192222 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02945  hypothetical protein  34 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0571  putative regulator PrlF  34 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02994  predicted regulator  34 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2685  transcriptional regulator, AbrB family  56.1 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.561513  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3694  AbrB family transcriptional regulator  60 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0576  putative regulator PrlF  33 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4165  AbrB family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 72 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0253396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 82 aa  44.7  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3609  putative regulator PrlF  33 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.895472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3319  putative regulator PrlF  33 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3351  AbrB family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 72 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4816  AbrB family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 72 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4259  AbrB family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  48.78 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3730  putative regulator PrlF  32.84 
 
 		 108 aa  42  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.538675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2925  transcriptional regulator, AbrB family  44.9 
 
 		 94 aa  42  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.621322  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3222  AbrB family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 82 aa  41.2  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3218  transcriptional regulator, AbrB family  34.09 
 
 		 83 aa  40.8  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.55751 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3733  transcriptional regulator, AbrB family  42.86 
 
 		 84 aa  40.8  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0338094 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4012  putative regulator PrlF  31.34 
 
 		 108 aa  40.4  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.399384  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24980  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  47.5 
 
 		 85 aa  40  0.01  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>