25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1268 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1268  putative regulator PrlF  100 
 
 		 129 aa  260  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1413  putative regulator PrlF  73.39 
 
 		 109 aa  157  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1133  putative regulator PrlF  73.39 
 
 		 109 aa  157  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1415  putative regulator PrlF  65.74 
 
 		 108 aa  144  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5838  putative regulator PrlF  56.44 
 
 		 110 aa  121  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03514  HtaR suppressor protein  49.04 
 
 		 109 aa  111  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111816  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4012  putative regulator PrlF  53 
 
 		 108 aa  101  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.399384  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3730  putative regulator PrlF  52 
 
 		 108 aa  98.6  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.538675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4640  putative regulator PrlF  43.52 
 
 		 113 aa  89.7  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0282  putative regulator PrlF  42.59 
 
 		 113 aa  86.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5361  AbrB family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 106 aa  77.4  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0760953 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0576  putative regulator PrlF  38.68 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02945  hypothetical protein  39.62 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0571  putative regulator PrlF  39.62 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3609  putative regulator PrlF  38.68 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.895472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3319  putative regulator PrlF  38.68 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02994  predicted regulator  39.62 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  44.44 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  38 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 105 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  41.94 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4189  AbrB family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47354  normal  0.440308 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 128 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3009  AbrB family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>