26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4012 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4012  putative regulator PrlF  100 
 
 		 108 aa  216  8.999999999999998e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.399384  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3730  putative regulator PrlF  98.15 
 
 		 108 aa  213  8e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.538675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1413  putative regulator PrlF  51.38 
 
 		 109 aa  106  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1133  putative regulator PrlF  51.38 
 
 		 109 aa  106  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03514  HtaR suppressor protein  47 
 
 		 109 aa  102  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111816  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1268  putative regulator PrlF  53 
 
 		 129 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1415  putative regulator PrlF  50 
 
 		 108 aa  100  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5838  putative regulator PrlF  46 
 
 		 110 aa  88.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4640  putative regulator PrlF  46.53 
 
 		 113 aa  84.7  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0282  putative regulator PrlF  45.54 
 
 		 113 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5361  AbrB family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 106 aa  71.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0760953 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02994  predicted regulator  42.86 
 
 		 111 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02945  hypothetical protein  42.86 
 
 		 111 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0571  putative regulator PrlF  42.86 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0576  putative regulator PrlF  41.76 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3609  putative regulator PrlF  41.76 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.895472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3319  putative regulator PrlF  41.76 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  35.82 
 
 		 105 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4955  hypothetical protein  46.81 
 
 		 177 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.68795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  30.99 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 128 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 74 aa  40.8  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 128 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0959  AbrB family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.538294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>