43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0693 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  100 
 
 		 105 aa  207  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  82.86 
 
 		 105 aa  173  9e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  81.9 
 
 		 128 aa  166  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  79.05 
 
 		 128 aa  164  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  79.05 
 
 		 128 aa  164  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4189  AbrB family transcriptional regulator  76.19 
 
 		 105 aa  156  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47354  normal  0.440308 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  75.24 
 
 		 105 aa  150  5e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5361  AbrB family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1133  putative regulator PrlF  46.03 
 
 		 109 aa  57  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1413  putative regulator PrlF  46.03 
 
 		 109 aa  57  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1268  putative regulator PrlF  41.94 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1415  putative regulator PrlF  43.55 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03514  HtaR suppressor protein  32.95 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111816  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3730  putative regulator PrlF  37.31 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.538675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5838  putative regulator PrlF  32.89 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 82 aa  49.3  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4012  putative regulator PrlF  35.82 
 
 		 108 aa  49.3  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.399384  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4640  putative regulator PrlF  41.43 
 
 		 113 aa  47  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02945  hypothetical protein  31.91 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02994  predicted regulator  31.91 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2925  transcriptional regulator, AbrB family  35.06 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.621322  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0571  putative regulator PrlF  31.91 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  51.22 
 
 		 82 aa  46.2  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0576  putative regulator PrlF  30.85 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2685  transcriptional regulator, AbrB family  56.1 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.561513  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3694  AbrB family transcriptional regulator  60 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3609  putative regulator PrlF  30.85 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.895472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3319  putative regulator PrlF  30.85 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 78 aa  44.3  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  57.5 
 
 		 94 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24980  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  52.5 
 
 		 85 aa  44.3  0.0006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 82 aa  43.9  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1708  AbrB family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 92 aa  42.7  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0282  putative regulator PrlF  40 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1154  transcriptional regulator, AbrB family  36.36 
 
 		 89 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134363  normal  0.0192222 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3255  transcriptional regulator, AbrB family  29.87 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2444  hypothetical protein  60 
 
 		 79 aa  41.6  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1365  hypothetical protein  39.62 
 
 		 81 aa  41.2  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.902317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0255  hypothetical protein  38.89 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.701851  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0225  AbrB family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3222  AbrB family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1837  transcriptional regulator, AbrB family  37.74 
 
 		 74 aa  40  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0746962  normal  0.364097 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>