37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2744 on replicon NC_013930
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013930  TK90_2744  transcriptional regulator, AbrB family  100 
 
 
105 aa  208  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.909069  normal  0.461653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2869  AbrB family transcriptional regulator  76.19 
 
 
105 aa  157  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0693  transcriptional regulator, AbrB family  75.24 
 
 
105 aa  150  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.747967  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3434  AbrB family transcriptional regulator  70.48 
 
 
128 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.838817  normal  0.246691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1246  AbrB family transcriptional regulator  67.62 
 
 
128 aa  137  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.882572  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1174  AbrB family transcriptional regulator  67.62 
 
 
128 aa  135  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4189  AbrB family transcriptional regulator  67.31 
 
 
105 aa  130  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47354  normal  0.440308 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5361  AbrB family transcriptional regulator  47.83 
 
 
106 aa  61.6  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1268  putative regulator PrlF  44.44 
 
 
129 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1413  putative regulator PrlF  41.18 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1133  putative regulator PrlF  41.18 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1415  putative regulator PrlF  30 
 
 
108 aa  56.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271544  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5838  putative regulator PrlF  37.88 
 
 
110 aa  54.3  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03514  HtaR suppressor protein  32.35 
 
 
109 aa  52  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111816  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4640  putative regulator PrlF  39.39 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4259  AbrB family transcriptional regulator  53.49 
 
 
75 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3694  AbrB family transcriptional regulator  55.56 
 
 
94 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3730  putative regulator PrlF  32.39 
 
 
108 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.538675  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3502  transcriptional regulator AbrB  53.33 
 
 
94 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3609  putative regulator PrlF  34.33 
 
 
111 aa  43.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.895472  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4012  putative regulator PrlF  30.99 
 
 
108 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.399384  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3319  putative regulator PrlF  34.33 
 
 
111 aa  43.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0282  putative regulator PrlF  35.94 
 
 
113 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0576  putative regulator PrlF  34.33 
 
 
111 aa  43.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4882  AbrB family transcriptional regulator  46.34 
 
 
74 aa  42.4  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1276  transcriptional regulator, AbrB family  47.5 
 
 
82 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0037  AbrB family transcriptional regulator  51.16 
 
 
82 aa  42.4  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000106166  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4165  AbrB family transcriptional regulator  48.84 
 
 
72 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0253396  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3351  AbrB family transcriptional regulator  48.84 
 
 
72 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4816  AbrB family transcriptional regulator  48.84 
 
 
72 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0616  AbrB family transcriptional regulator  30 
 
 
78 aa  40.8  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3222  AbrB family transcriptional regulator  36.73 
 
 
82 aa  40.8  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24980  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  36.76 
 
 
85 aa  40.4  0.008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1697  AbrB family transcriptional regulator  58.97 
 
 
82 aa  40.4  0.009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311866  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02994  predicted regulator  32.84 
 
 
111 aa  40  0.01  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2538  AbrB family transcriptional regulator  53.49 
 
 
89 aa  40  0.01  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0127066  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02945  hypothetical protein  32.84 
 
 
111 aa  40  0.01  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>