70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4284 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3304  lipopolysaccharide biosynthesis  53.42 
 
 		 663 aa  701    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417507  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3006  hypothetical protein  60.78 
 
 		 662 aa  779    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0885595  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3532  exopolysaccharide biosythesis protein PslE  54.03 
 
 		 663 aa  709    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.393187  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 664 aa  1336    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35690  hypothetical protein  60.63 
 
 		 662 aa  776    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0001855  hitchhiker  6.19031e-17 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  24.29 
 
 		 509 aa  94.7  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  23.21 
 
 		 487 aa  88.6  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  23.67 
 
 		 517 aa  82  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.03 
 
 		 653 aa  73.2  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  21.45 
 
 		 806 aa  69.7  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.26 
 
 		 477 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  24.71 
 
 		 505 aa  67.4  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  22.68 
 
 		 750 aa  67  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.15 
 
 		 642 aa  66.2  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.24 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.33 
 
 		 643 aa  65.9  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  22.6 
 
 		 790 aa  64.7  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  24.09 
 
 		 475 aa  64.7  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.36 
 
 		 720 aa  64.3  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  23.9 
 
 		 478 aa  62.4  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  22.61 
 
 		 804 aa  61.2  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.21 
 
 		 474 aa  60.8  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  22.04 
 
 		 790 aa  60.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  22.91 
 
 		 469 aa  58.5  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  23.85 
 
 		 532 aa  58.5  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  19.78 
 
 		 753 aa  57.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  24.84 
 
 		 507 aa  57  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1529  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.19 
 
 		 499 aa  55.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417351  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.71 
 
 		 741 aa  56.6  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5484  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.29 
 
 		 510 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.95785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  22.57 
 
 		 722 aa  55.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  20.66 
 
 		 708 aa  54.3  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.71 
 
 		 741 aa  54.3  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  26.71 
 
 		 741 aa  54.3  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  26.71 
 
 		 741 aa  54.3  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  21.48 
 
 		 737 aa  53.1  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.01 
 
 		 514 aa  53.5  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3727  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  25.27 
 
 		 741 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.601241 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  25.27 
 
 		 741 aa  53.9  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  24.17 
 
 		 715 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2272  protein-tyrosine kinase  25.63 
 
 		 741 aa  53.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.994718  normal  0.103014 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10723  putative EPS related membrane protein  26.57 
 
 		 796 aa  51.6  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.36 
 
 		 518 aa  51.2  0.00006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3177  hypothetical protein  21.78 
 
 		 726 aa  50.8  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  21.58 
 
 		 779 aa  50.8  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  22.66 
 
 		 738 aa  50.4  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  23.97 
 
 		 713 aa  50.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  22.39 
 
 		 510 aa  50.1  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.73 
 
 		 439 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.602565  normal  0.0655667 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1690  lipopolysaccharide biosynthesis  23.88 
 
 		 512 aa  49.3  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000356415  normal  0.0111371 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1340  tyrosine-protein kinase, putative  22.71 
 
 		 820 aa  48.5  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4408  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.32 
 
 		 761 aa  48.1  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.989897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  23.55 
 
 		 741 aa  47.8  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  24.32 
 
 		 739 aa  47.4  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  23.71 
 
 		 739 aa  47.4  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2955  capsular exopolysaccharide family  29.49 
 
 		 521 aa  47.4  0.0009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  23.71 
 
 		 739 aa  47  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  24.32 
 
 		 739 aa  47.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.32 
 
 		 778 aa  45.8  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2885  tyrosine-protein kinase  23.43 
 
 		 767 aa  45.8  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00159568  normal  0.0841882 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  24.03 
 
 		 773 aa  45.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07230  putative tyrosine-protein kinase in cps region  21.15 
 
 		 815 aa  45.1  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4111  capsular exopolysaccharide family  25 
 
 		 741 aa  45.1  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.69 
 
 		 520 aa  45.4  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6432  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.65 
 
 		 734 aa  45.4  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.402351 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  21.5 
 
 		 472 aa  45.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0852  lipopolysaccharide biosynthesis  26.89 
 
 		 727 aa  44.7  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0448301 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  24.28 
 
 		 739 aa  45.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  20.79 
 
 		 756 aa  44.7  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0976  chromosome partitioning ATPase protein-like  29.85 
 
 		 242 aa  44.3  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.503924  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>