More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4199 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5177  hypothetical protein  89.92 
 
 		 398 aa  744    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5127  hypothetical protein  89.67 
 
 		 398 aa  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.775226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4199  SAM-dependent methyltransferase  100 
 
 		 399 aa  813    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0412  hypothetical protein  88.41 
 
 		 398 aa  732    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4764  hypothetical protein  89.42 
 
 		 398 aa  738    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.095661 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5354  SAM-dependent methyltransferase  90.18 
 
 		 398 aa  744    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0694951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03350  SAM-dependent methyltransferase  86.87 
 
 		 397 aa  709    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0338  hypothetical protein  89.17 
 
 		 398 aa  738    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5001  hypothetical protein  89.92 
 
 		 398 aa  744    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.397476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04640  hypothetical protein  86.87 
 
 		 398 aa  712    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0447  hypothetical protein  85.61 
 
 		 398 aa  704    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.368535  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3750  hypothetical protein  59.69 
 
 		 398 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0864598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2968  SAM-dependent methyltransferase  61.48 
 
 		 396 aa  477  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.343918  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1849  methyltransferase small  53.69 
 
 		 398 aa  462  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0366  SAM-dependent methyltransferase  58.54 
 
 		 403 aa  457  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0859295  normal  0.454449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0614  SAM-dependent methyltransferase  55.58 
 
 		 396 aa  447  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0812  hypothetical protein  54.71 
 
 		 398 aa  424  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.199944  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2745  putative RNA methylase  55.4 
 
 		 426 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1049  hypothetical protein  52.66 
 
 		 399 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.157301  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2043  protein of unknown function Met10  52.54 
 
 		 402 aa  398  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.338836  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3451  SAM-dependent methyltransferase  48.07 
 
 		 396 aa  372  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2446  hypothetical protein  50.26 
 
 		 398 aa  369  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.920431 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1714  protein of unknown function Met10  47.26 
 
 		 404 aa  363  3e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1014  methyltransferase small  48.33 
 
 		 407 aa  355  8.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.955984  hitchhiker  0.00000000107776 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0892  hypothetical protein  48.07 
 
 		 407 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0845  SAM-dependent methyltransferase  40.62 
 
 		 397 aa  288  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2626  hypothetical protein  39.69 
 
 		 396 aa  288  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316622  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3333  SAM-dependent methyltransferase  42.2 
 
 		 416 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427413  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1662  putative oxidoreductase  40.1 
 
 		 392 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000338862  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1342  protein of unknown function Met10  38.96 
 
 		 390 aa  274  2.0000000000000002e-72  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.425757  hitchhiker  0.0000000474621 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1090  protein of unknown function Met10  38.48 
 
 		 391 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.339583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1226  hypothetical protein  39.75 
 
 		 393 aa  263  3e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.622889 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0968  methyltransferase small  41.11 
 
 		 392 aa  262  6.999999999999999e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1096  hypothetical protein  36.92 
 
 		 393 aa  251  2e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465883  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0756  hypothetical protein  38.21 
 
 		 393 aa  250  3e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1811  protein of unknown function Met10  34.29 
 
 		 415 aa  249  5e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000878098  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0981  SAM-dependent methyltransferase  35.38 
 
 		 393 aa  249  5e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0160399  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1541  hypothetical protein  36.92 
 
 		 393 aa  248  1e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.155369  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1709  hypothetical protein  36.52 
 
 		 396 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0341  protein of unknown function Met10  35.6 
 
 		 395 aa  242  7.999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0846  SAM-dependent methyltransferase  37.98 
 
 		 391 aa  242  7.999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3701  protein of unknown function Met10  35.29 
 
 		 394 aa  240  2.9999999999999997e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1771  hypothetical protein  39.09 
 
 		 400 aa  236  6e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2060  PUA domain-containing protein  33.51 
 
 		 418 aa  235  9e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0032112  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1218  protein of unknown function Met10  34.46 
 
 		 389 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0747272  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0604  protein of unknown function Met10  35.22 
 
 		 394 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000482493  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1451  hypothetical protein  35.29 
 
 		 413 aa  233  7.000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0968  hypothetical protein  35.25 
 
 		 418 aa  232  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000850762  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3155  SAM-dependent methyltransferase  35.35 
 
 		 411 aa  231  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1954  SAM-dependent methyltransferase  37.22 
 
 		 398 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.252047  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1137  hypothetical protein  34.56 
 
 		 391 aa  228  1e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.484053  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0993  SAM-dependent methyltransferase-like protein  34.56 
 
 		 391 aa  228  1e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0222076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4037  PUA domain-containing protein  34.6 
 
 		 397 aa  228  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.663766  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0973  SAM-dependent methyltransferase  35.03 
 
 		 396 aa  228  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510915 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1464  hypothetical protein  34.87 
 
 		 394 aa  226  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.926164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0977  SAM-dependent methyltransferase  34.94 
 
 		 396 aa  226  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1197  hypothetical protein  33.59 
 
 		 394 aa  226  5.0000000000000005e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0533478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1011  SAM-dependent methyltransferase  34.77 
 
 		 396 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.719099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1865  hypothetical protein  36.77 
 
 		 389 aa  226  5.0000000000000005e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1821  putative SAM-dependent methyltransferase  37.02 
 
 		 394 aa  226  6e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00015725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1343  putative RNA methylase  33.42 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1368  PUA domain containing protein  34.09 
 
 		 397 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0592  PUA domain-containing protein  34.28 
 
 		 394 aa  223  3e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1409  protein of unknown function Met10  34.88 
 
 		 394 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3390  PUA domain-containing protein  35.28 
 
 		 396 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2932  PUA domain-containing protein  35.28 
 
 		 396 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02370  methyltransferase  34.27 
 
 		 397 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4225  PUA domain containing protein  32.74 
 
 		 394 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.731484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1519  SAM-dependent methyltransferase  35.57 
 
 		 409 aa  220  3e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.197853  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2647  SAM-dependent methyltransferase  39.54 
 
 		 396 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391524  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1493  hypothetical protein  38.02 
 
 		 400 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.93187  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3862  protein of unknown function Met10  37.43 
 
 		 389 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3515  PUA domain-containing protein  35.28 
 
 		 396 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3779  protein of unknown function Met10  37.43 
 
 		 389 aa  219  6e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.318732  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1063  PUA domain containing protein  35.28 
 
 		 396 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504036 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3294  PUA domain-containing protein  35.28 
 
 		 396 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1149  SAM-dependent methyltransferase  34.18 
 
 		 396 aa  219  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2689  SAM-dependent methyltransferase  36.71 
 
 		 398 aa  219  8.999999999999998e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003408  hypothetical protein  34.27 
 
 		 397 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000270562  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1304  SAM-dependent methyltransferase  39.29 
 
 		 396 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.730184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2965  putative SAM-dependent methyltransferase  33.67 
 
 		 396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3722  SAM-dependent methyltransferase  36.91 
 
 		 389 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2168  PUA domain-containing protein  32.89 
 
 		 395 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6903  putative RNA methylase  32.4 
 
 		 390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0358341  normal  0.255977 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  34.34 
 
 		 396 aa  213  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0346  PUA domain containing protein  33.5 
 
 		 400 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.734176 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3851  protein of unknown function Met10  36.39 
 
 		 388 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.848902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2997  PUA domain-containing protein  33.33 
 
 		 404 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0717099 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0887  SAM-dependent methyltransferase  38.07 
 
 		 405 aa  213  5.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.324188  normal  0.483591 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2348  hypothetical protein  34.34 
 
 		 396 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2676  Protein of unknown function methylase putative  35.08 
 
 		 391 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00640456  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1082  hypothetical protein  34.6 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1076  hypothetical protein  34.6 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00716941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1132  hypothetical protein  34.6 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.250632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2151  hypothetical protein  34.09 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111749  normal  0.201335 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2629  hypothetical protein  34.6 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1889  hypothetical protein  31.76 
 
 		 388 aa  211  2e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1911  PUA domain containing protein  33.58 
 
 		 396 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6438  SAM-dependent methyltransferase  33.09 
 
 		 404 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.812224 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3083  PUA domain-containing protein  32.84 
 
 		 404 aa  210  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0506746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>