More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5127 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5127  hypothetical protein  100 
 
 		 398 aa  813    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.775226  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0412  hypothetical protein  88.69 
 
 		 398 aa  738    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4764  hypothetical protein  89.95 
 
 		 398 aa  744    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.095661 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5354  SAM-dependent methyltransferase  90.2 
 
 		 398 aa  747    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0694951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4199  SAM-dependent methyltransferase  89.67 
 
 		 399 aa  743    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0338  hypothetical protein  98.24 
 
 		 398 aa  803    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5177  hypothetical protein  99.5 
 
 		 398 aa  810    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5001  hypothetical protein  99.75 
 
 		 398 aa  812    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.397476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0447  hypothetical protein  83.63 
 
 		 398 aa  697    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.368535  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04640  hypothetical protein  84.89 
 
 		 398 aa  706    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03350  SAM-dependent methyltransferase  86.15 
 
 		 397 aa  711    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2968  SAM-dependent methyltransferase  60.46 
 
 		 396 aa  480  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.343918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3750  hypothetical protein  57.22 
 
 		 398 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0864598 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1849  methyltransferase small  52.28 
 
 		 398 aa  462  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0366  SAM-dependent methyltransferase  58.44 
 
 		 403 aa  463  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0859295  normal  0.454449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0614  SAM-dependent methyltransferase  55.19 
 
 		 396 aa  445  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1049  hypothetical protein  53.06 
 
 		 399 aa  418  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.157301  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0812  hypothetical protein  53.92 
 
 		 398 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.199944  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2745  putative RNA methylase  54.29 
 
 		 426 aa  413  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2043  protein of unknown function Met10  52.31 
 
 		 402 aa  396  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.338836  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3451  SAM-dependent methyltransferase  47.81 
 
 		 396 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2446  hypothetical protein  48.98 
 
 		 398 aa  358  6e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.920431 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1014  methyltransferase small  48.84 
 
 		 407 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.955984  hitchhiker  0.00000000107776 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1714  protein of unknown function Met10  46.02 
 
 		 404 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0892  hypothetical protein  48.58 
 
 		 407 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2626  hypothetical protein  40.26 
 
 		 396 aa  287  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316622  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0845  SAM-dependent methyltransferase  40 
 
 		 397 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1342  protein of unknown function Met10  38.96 
 
 		 390 aa  278  1e-73  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.425757  hitchhiker  0.0000000474621 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1662  putative oxidoreductase  40.05 
 
 		 392 aa  277  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000338862  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3333  SAM-dependent methyltransferase  40.66 
 
 		 416 aa  278  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427413  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1090  protein of unknown function Met10  38.73 
 
 		 391 aa  278  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.339583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1226  hypothetical protein  39.23 
 
 		 393 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.622889 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0968  methyltransferase small  41.01 
 
 		 392 aa  263  4e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1541  hypothetical protein  37.18 
 
 		 393 aa  250  3e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.155369  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1096  hypothetical protein  36.15 
 
 		 393 aa  247  2e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465883  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0981  SAM-dependent methyltransferase  35.64 
 
 		 393 aa  246  6e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0160399  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1811  protein of unknown function Met10  34.11 
 
 		 415 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000878098  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3701  protein of unknown function Met10  35.04 
 
 		 394 aa  244  3e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0756  hypothetical protein  36.92 
 
 		 393 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0846  SAM-dependent methyltransferase  36.69 
 
 		 391 aa  243  5e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1218  protein of unknown function Met10  34.99 
 
 		 389 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0747272  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1464  hypothetical protein  36.92 
 
 		 394 aa  238  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.926164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1709  hypothetical protein  36.02 
 
 		 396 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1368  PUA domain containing protein  35.86 
 
 		 397 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1451  hypothetical protein  35.73 
 
 		 413 aa  238  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0341  protein of unknown function Met10  33.77 
 
 		 395 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1197  hypothetical protein  34.51 
 
 		 394 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0533478 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0993  SAM-dependent methyltransferase-like protein  34.04 
 
 		 391 aa  233  6e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0222076  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1137  hypothetical protein  34.3 
 
 		 391 aa  232  9e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.484053  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0968  hypothetical protein  36.5 
 
 		 418 aa  232  9e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000850762  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2060  PUA domain-containing protein  32.49 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0032112  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1865  hypothetical protein  37.3 
 
 		 389 aa  230  3e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1954  SAM-dependent methyltransferase  37.4 
 
 		 398 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.252047  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1343  putative RNA methylase  33.25 
 
 		 400 aa  228  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0592  PUA domain-containing protein  32.91 
 
 		 394 aa  228  2e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0604  protein of unknown function Met10  33.85 
 
 		 394 aa  227  3e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000482493  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3862  protein of unknown function Met10  37.96 
 
 		 389 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1771  hypothetical protein  37.56 
 
 		 400 aa  226  4e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1821  putative SAM-dependent methyltransferase  36.5 
 
 		 394 aa  226  6e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00015725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3779  protein of unknown function Met10  37.96 
 
 		 389 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.318732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2168  PUA domain-containing protein  34.21 
 
 		 395 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0977  SAM-dependent methyltransferase  33.67 
 
 		 396 aa  223  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2647  SAM-dependent methyltransferase  39.49 
 
 		 396 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391524  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3722  SAM-dependent methyltransferase  36.91 
 
 		 389 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3155  SAM-dependent methyltransferase  34.6 
 
 		 411 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1304  SAM-dependent methyltransferase  39.49 
 
 		 396 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.730184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0973  SAM-dependent methyltransferase  33.5 
 
 		 396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510915 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4037  PUA domain-containing protein  34.34 
 
 		 397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.663766  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2965  putative SAM-dependent methyltransferase  34.34 
 
 		 396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1011  SAM-dependent methyltransferase  33.25 
 
 		 396 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.719099 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1149  SAM-dependent methyltransferase  33.84 
 
 		 396 aa  219  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  35.1 
 
 		 396 aa  219  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1409  protein of unknown function Met10  33.59 
 
 		 394 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02370  methyltransferase  35.29 
 
 		 397 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1493  hypothetical protein  37.24 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.93187  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1519  SAM-dependent methyltransferase  34.41 
 
 		 409 aa  217  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.197853  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2932  PUA domain-containing protein  34.01 
 
 		 396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2348  hypothetical protein  34.85 
 
 		 396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1082  hypothetical protein  35.1 
 
 		 396 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1132  hypothetical protein  35.1 
 
 		 396 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.250632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6903  putative RNA methylase  32.04 
 
 		 390 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0358341  normal  0.255977 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2676  Protein of unknown function methylase putative  35.6 
 
 		 391 aa  216  5e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00640456  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1076  hypothetical protein  35.1 
 
 		 396 aa  216  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00716941  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2629  hypothetical protein  35.1 
 
 		 396 aa  216  5e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2151  hypothetical protein  34.6 
 
 		 396 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111749  normal  0.201335 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3390  PUA domain-containing protein  34.01 
 
 		 396 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3851  protein of unknown function Met10  35.86 
 
 		 388 aa  215  9e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.848902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1183  putative RNA methylase  38.99 
 
 		 427 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.414629  normal  0.94846 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003408  hypothetical protein  34.84 
 
 		 397 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000270562  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3294  PUA domain-containing protein  34.01 
 
 		 396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1063  PUA domain containing protein  34.01 
 
 		 396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504036 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3515  PUA domain-containing protein  34.01 
 
 		 396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.498444 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00971  predicted methyltransferase  36.75 
 
 		 367 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.406744  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00978  hypothetical protein  36.75 
 
 		 367 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.536136  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1889  hypothetical protein  30.71 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1143  protein YccW  35.18 
 
 		 403 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.405441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1155  hypothetical protein  35.18 
 
 		 403 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.282182  normal  0.900174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1189  hypothetical protein  35.18 
 
 		 403 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.887543 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1121  SAM-dependent methyltransferase  35.18 
 
 		 403 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  7.50041e-16 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1038  protein YccW  35.18 
 
 		 403 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.677771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>