More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0887 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0887  SAM-dependent methyltransferase  100 
 
 		 405 aa  814    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.324188  normal  0.483591 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1954  SAM-dependent methyltransferase  70.81 
 
 		 398 aa  514  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.252047  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1183  putative RNA methylase  73.87 
 
 		 427 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.414629  normal  0.94846 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2647  SAM-dependent methyltransferase  73.92 
 
 		 396 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391524  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1304  SAM-dependent methyltransferase  73.42 
 
 		 396 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.730184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1771  hypothetical protein  66.75 
 
 		 400 aa  481  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2689  SAM-dependent methyltransferase  56.89 
 
 		 398 aa  428  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3333  SAM-dependent methyltransferase  44.58 
 
 		 416 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427413  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0366  SAM-dependent methyltransferase  42.57 
 
 		 403 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0859295  normal  0.454449 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1714  protein of unknown function Met10  41.16 
 
 		 404 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1049  hypothetical protein  38.92 
 
 		 399 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.157301  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1849  methyltransferase small  37.53 
 
 		 398 aa  253  6e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1014  methyltransferase small  39.34 
 
 		 407 aa  249  5e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.955984  hitchhiker  0.00000000107776 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0892  hypothetical protein  39.34 
 
 		 407 aa  249  6e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4764  hypothetical protein  39.29 
 
 		 398 aa  249  9e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.095661 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2968  SAM-dependent methyltransferase  38.78 
 
 		 396 aa  247  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.343918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5354  SAM-dependent methyltransferase  39.04 
 
 		 398 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0694951  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0412  hypothetical protein  39.04 
 
 		 398 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03350  SAM-dependent methyltransferase  40.1 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0981  SAM-dependent methyltransferase  38.19 
 
 		 393 aa  243  3e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0160399  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5001  hypothetical protein  38.79 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.397476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5177  hypothetical protein  38.79 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0338  hypothetical protein  38.79 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4199  SAM-dependent methyltransferase  38.07 
 
 		 399 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5127  hypothetical protein  39.09 
 
 		 398 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.775226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1226  hypothetical protein  37.5 
 
 		 393 aa  239  9e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.622889 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0341  protein of unknown function Met10  36.25 
 
 		 395 aa  238  1e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3750  hypothetical protein  35.71 
 
 		 398 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0864598 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2446  hypothetical protein  41.34 
 
 		 398 aa  237  3e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.920431 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04640  hypothetical protein  39.34 
 
 		 398 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0447  hypothetical protein  39.09 
 
 		 398 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.368535  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2745  putative RNA methylase  40.42 
 
 		 426 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0756  hypothetical protein  38.48 
 
 		 393 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0614  SAM-dependent methyltransferase  39.95 
 
 		 396 aa  231  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1096  hypothetical protein  36.73 
 
 		 393 aa  231  2e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000465883  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2626  hypothetical protein  37.56 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316622  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2043  protein of unknown function Met10  40.81 
 
 		 402 aa  228  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.338836  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1541  hypothetical protein  35.64 
 
 		 393 aa  223  6e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.155369  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0812  hypothetical protein  37.98 
 
 		 398 aa  222  9e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.199944  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2555  putative methyltransferase  31.52 
 
 		 391 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0282  SAM-dependent methyltransferase  34.68 
 
 		 398 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3451  SAM-dependent methyltransferase  36.71 
 
 		 396 aa  219  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2872  putative methyltransferase  31.52 
 
 		 391 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1197  hypothetical protein  36.32 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0533478 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0346  PUA domain containing protein  35.5 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.734176 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0223  SAM-dependent methyltransferase  35.7 
 
 		 397 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0845  SAM-dependent methyltransferase  37.08 
 
 		 397 aa  216  7e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3701  protein of unknown function Met10  33.92 
 
 		 394 aa  214  1.9999999999999998e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2997  PUA domain-containing protein  35.4 
 
 		 404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0717099 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3134  PUA domain-containing protein  35.4 
 
 		 404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312464  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2060  PUA domain-containing protein  34.04 
 
 		 418 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0032112  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1464  hypothetical protein  35.55 
 
 		 394 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.926164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3083  PUA domain-containing protein  35.89 
 
 		 404 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0506746 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4376  SAM-dependent methyltransferase  35 
 
 		 400 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0073  PUA domain-containing protein  35 
 
 		 400 aa  210  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6438  SAM-dependent methyltransferase  34.65 
 
 		 404 aa  209  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.812224 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1811  protein of unknown function Met10  31.61 
 
 		 415 aa  209  8e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000878098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3105  PUA domain-containing protein  35.15 
 
 		 404 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2474  PUA domain-containing protein  35.15 
 
 		 404 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.78499  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3088  PUA domain-containing protein  35.15 
 
 		 404 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3155  SAM-dependent methyltransferase  35.26 
 
 		 411 aa  206  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1011  SAM-dependent methyltransferase  34.6 
 
 		 396 aa  206  7e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.719099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0196  SAM-dependent methyltransferase  34.34 
 
 		 396 aa  206  9e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1662  putative oxidoreductase  32.47 
 
 		 392 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000338862  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0846  SAM-dependent methyltransferase  38.73 
 
 		 391 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1451  hypothetical protein  35.86 
 
 		 413 aa  204  3e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0973  SAM-dependent methyltransferase  34.34 
 
 		 396 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510915 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1491  putative RNA methylase  37.63 
 
 		 408 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0977  SAM-dependent methyltransferase  34.34 
 
 		 396 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0169  hypothetical protein  33.1 
 
 		 423 aa  199  6e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4037  PUA domain-containing protein  33.59 
 
 		 397 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.663766  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1409  protein of unknown function Met10  33.25 
 
 		 394 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0194  hypothetical protein  33.18 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0604  protein of unknown function Met10  32.32 
 
 		 394 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000482493  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1493  hypothetical protein  37.37 
 
 		 400 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.93187  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0390  SAM-dependent methyltransferase  33.18 
 
 		 425 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1090  protein of unknown function Met10  32.82 
 
 		 391 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.339583  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0968  hypothetical protein  34.16 
 
 		 418 aa  196  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000850762  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1218  protein of unknown function Met10  31.05 
 
 		 389 aa  196  7e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0747272  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1911  PUA domain containing protein  35.14 
 
 		 396 aa  196  8.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2965  putative SAM-dependent methyltransferase  35.1 
 
 		 396 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0051  hypothetical protein  33.92 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1149  SAM-dependent methyltransferase  33.59 
 
 		 396 aa  195  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3375  PUA domain containing protein  32.91 
 
 		 397 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3390  PUA domain-containing protein  34.43 
 
 		 396 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1519  SAM-dependent methyltransferase  32.19 
 
 		 409 aa  193  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.197853  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0968  methyltransferase small  33.84 
 
 		 392 aa  193  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3294  PUA domain-containing protein  34.43 
 
 		 396 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3515  PUA domain-containing protein  34.43 
 
 		 396 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1063  PUA domain containing protein  34.43 
 
 		 396 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504036 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1709  hypothetical protein  33.85 
 
 		 396 aa  192  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0206  hypothetical protein  33.18 
 
 		 425 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1368  PUA domain containing protein  32.15 
 
 		 397 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2919  hypothetical protein  32.94 
 
 		 425 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0869648  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3429  hypothetical protein  32.94 
 
 		 425 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3257  hypothetical protein  32.94 
 
 		 425 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2170  hypothetical protein  32.94 
 
 		 425 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64943  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4225  PUA domain containing protein  31.71 
 
 		 394 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.731484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0592  PUA domain-containing protein  31.11 
 
 		 394 aa  190  2.9999999999999997e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2932  PUA domain-containing protein  34.18 
 
 		 396 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>