277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1856 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_15900  metallo-beta-lactamase family protein  66.67 
 
 		 510 aa  667    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1856  beta-lactamase domain-containing protein  100 
 
 		 488 aa  1004    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.510486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3639  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  58.04 
 
 		 480 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3287  beta-lactamase domain protein  60.74 
 
 		 469 aa  584  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1753  hypothetical protein  57.14 
 
 		 480 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0222325  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1382  beta-lactamase domain-containing protein  55.47 
 
 		 482 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1775  beta-lactamase domain protein  55.71 
 
 		 477 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.164082  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2610  beta-lactamase domain-containing protein  56.41 
 
 		 473 aa  531  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0355734  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1367  beta-lactamase domain-containing protein  53.67 
 
 		 477 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3939  beta-lactamase domain-containing protein  53.78 
 
 		 476 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703744  normal  0.187647 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1488  exonuclease  52.4 
 
 		 500 aa  519  1e-146  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000935929  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0797  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  54.12 
 
 		 477 aa  517  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2313  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  53.81 
 
 		 460 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.397404  normal  0.216375 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2114  chorismate mutase, gamma, beta and epsilon  52.29 
 
 		 486 aa  504  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.731271 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2962  beta-lactamase domain-containing protein  48.91 
 
 		 526 aa  478  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29569  normal  0.463279 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1417  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  47.82 
 
 		 502 aa  476  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.436824  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1843  metallo-beta-lactamase family protein  50.41 
 
 		 475 aa  462  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.100473  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2820  beta-lactamase domain-containing protein  45.52 
 
 		 521 aa  464  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1343  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  48.13 
 
 		 472 aa  450  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383707 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001774  metallo-beta-lactamase family protein RNA-specific  46.28 
 
 		 441 aa  420  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122303  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0265  putative metallo-beta-lactamase  42.11 
 
 		 484 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2642  hypothetical protein  44.89 
 
 		 455 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1277  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.96 
 
 		 540 aa  253  4.0000000000000004e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1759  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.6 
 
 		 543 aa  253  7e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0490  beta-lactamase domain-containing protein  35.58 
 
 		 463 aa  245  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.955165 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3327  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  35.88 
 
 		 481 aa  243  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1075  beta-lactamase domain protein  32.86 
 
 		 522 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0611  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.38 
 
 		 541 aa  242  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000296821  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0473  beta-lactamase domain protein  33.2 
 
 		 515 aa  241  2e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1601  beta-lactamase domain-containing protein  32.66 
 
 		 536 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0642  exonuclease  33.66 
 
 		 469 aa  240  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000258182  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1400  beta-lactamase domain-containing protein  33.82 
 
 		 535 aa  240  5e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.736343  normal  0.560132 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0497  metallo-beta-lactamase family protein  36.1 
 
 		 484 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3334  beta-lactamase domain-containing protein  36.49 
 
 		 478 aa  237  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1203  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.13 
 
 		 530 aa  238  3e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1781  metallo-beta-lactamase family protein  32.99 
 
 		 535 aa  236  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.133044  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1267  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.58 
 
 		 465 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3602  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.36 
 
 		 490 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000350398  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1566  beta-lactamase domain protein  33.06 
 
 		 531 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0305  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.33 
 
 		 525 aa  234  4.0000000000000004e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0171  beta-lactamase domain protein  31.98 
 
 		 536 aa  233  5e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000341552 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1677  beta-lactamase domain protein  32.18 
 
 		 544 aa  233  6e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3292  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  35.59 
 
 		 490 aa  233  6e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1362  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.6 
 
 		 471 aa  232  9e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1747  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.53 
 
 		 467 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0394  beta-lactamase domain protein  31.43 
 
 		 547 aa  231  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0705  beta-lactamase domain-containing protein  32.5 
 
 		 525 aa  231  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3232  beta-lactamase domain-containing protein  35.51 
 
 		 489 aa  231  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4158  aspartate kinase  34.69 
 
 		 478 aa  230  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0851  beta-lactamase domain protein  31.58 
 
 		 464 aa  230  4e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0588  metallo-beta-lactamase superfamily protein  34.62 
 
 		 464 aa  229  6e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0816  beta-lactamase domain protein  34.93 
 
 		 462 aa  229  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0541  metallo-beta-lactamase family protein  35.54 
 
 		 478 aa  228  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3771  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  35.67 
 
 		 480 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2679  metallo-beta-lactamase family protein  33.26 
 
 		 462 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2304  beta-lactamase domain protein  33.26 
 
 		 462 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.73146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1299  beta-lactamase domain protein  34.56 
 
 		 470 aa  227  4e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.591175  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0726  beta-lactamase domain protein  34.99 
 
 		 465 aa  227  5.0000000000000005e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.723322 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3827  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  35.93 
 
 		 480 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0539  RNA-metabolizing metallo-beta-lactamase  35.34 
 
 		 480 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3492  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  35.34 
 
 		 480 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0768  beta-lactamase domain protein  32.06 
 
 		 451 aa  226  6e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000108746  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2033  beta-lactamase domain protein  29.51 
 
 		 536 aa  226  7e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2692  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.11 
 
 		 450 aa  226  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0719706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1266  beta-lactamase-like protein  35.23 
 
 		 469 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23851  normal  0.0118241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1526  hypothetical protein  32.92 
 
 		 467 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.2328  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1187  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.87 
 
 		 536 aa  225  2e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.177034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3953  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  35.73 
 
 		 480 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2586  beta-lactamase domain-containing protein  31.47 
 
 		 465 aa  225  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  0.494624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01524  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.26 
 
 		 455 aa  224  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0537  aspartate kinase  35 
 
 		 480 aa  224  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17570  hypothetical protein  32.71 
 
 		 467 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_933  metallo-beta-lactamase  32.03 
 
 		 467 aa  223  6e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000465053  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  33.26 
 
 		 485 aa  223  6e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1285  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.88 
 
 		 469 aa  223  7e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0828  beta-lactamase domain-containing protein  34.16 
 
 		 476 aa  222  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0969398  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0024  beta-lactamase-like  30.93 
 
 		 465 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2486  beta-lactamase domain-containing protein  35.12 
 
 		 467 aa  221  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000215978 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0925  beta-lactamase domain protein  33.67 
 
 		 464 aa  220  6e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1772  beta-lactamase domain-containing protein  32.6 
 
 		 465 aa  217  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1830  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 462 aa  217  4e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1341  beta-lactamase domain protein  33.48 
 
 		 465 aa  216  5e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3744  beta-lactamase domain protein  31.42 
 
 		 466 aa  216  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000226651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  34.5 
 
 		 457 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38530  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase family protein  32.11 
 
 		 468 aa  216  7e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0506935  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2788  beta-lactamase domain protein  31.39 
 
 		 570 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1284  beta-lactamase domain-containing protein  33.06 
 
 		 467 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.818199 
 
 
-
 
NC_002936  DET1061  metallo-beta-lactamase family protein  31.67 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0103  beta-lactamase domain protein  31.88 
 
 		 465 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1382  beta-lactamase-like protein  33.83 
 
 		 455 aa  212  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0992  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  30.88 
 
 		 470 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0148  putative metallo-beta-lactamase family protein  35.03 
 
 		 454 aa  211  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1402  beta-lactamase domain-containing protein  31.35 
 
 		 525 aa  208  2e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0944  beta-lactamase domain-containing protein  30.58 
 
 		 468 aa  207  3e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.199817  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1906  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.59 
 
 		 466 aa  207  4e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1078  beta-lactamase domain protein  33.69 
 
 		 454 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1456  beta-lactamase domain protein  28.86 
 
 		 464 aa  207  5e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1001  beta-lactamase domain-containing protein  33.47 
 
 		 460 aa  206  6e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.294858  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0446  metallo-beta-lactamase superfamily protein  32.39 
 
 		 466 aa  206  7e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0095  metallo-beta-lactamase superfamily protein  30.2 
 
 		 474 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.04699  normal  0.438592 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>