277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3939 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3939  beta-lactamase domain-containing protein  100 
 
 		 476 aa  965    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703744  normal  0.187647 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1775  beta-lactamase domain protein  89.89 
 
 		 477 aa  861    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.164082  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1367  beta-lactamase domain-containing protein  87.42 
 
 		 477 aa  825    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1382  beta-lactamase domain-containing protein  74.17 
 
 		 482 aa  714    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1753  hypothetical protein  57.08 
 
 		 480 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0222325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3639  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  58.17 
 
 		 480 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1856  beta-lactamase domain-containing protein  53.78 
 
 		 488 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.510486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15900  metallo-beta-lactamase family protein  55.58 
 
 		 510 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2313  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  54.08 
 
 		 460 aa  482  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.397404  normal  0.216375 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3287  beta-lactamase domain protein  53.63 
 
 		 469 aa  462  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2610  beta-lactamase domain-containing protein  51.3 
 
 		 473 aa  451  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0355734  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1843  metallo-beta-lactamase family protein  50.42 
 
 		 475 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.100473  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0797  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  50.11 
 
 		 477 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1488  exonuclease  48.11 
 
 		 500 aa  433  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000935929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1343  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  48.52 
 
 		 472 aa  424  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383707 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2114  chorismate mutase, gamma, beta and epsilon  45.51 
 
 		 486 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.731271 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001774  metallo-beta-lactamase family protein RNA-specific  45.85 
 
 		 441 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122303  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2820  beta-lactamase domain-containing protein  40.9 
 
 		 521 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2962  beta-lactamase domain-containing protein  41.3 
 
 		 526 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29569  normal  0.463279 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1417  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  41.6 
 
 		 502 aa  381  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.436824  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0265  putative metallo-beta-lactamase  40.62 
 
 		 484 aa  380  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2642  hypothetical protein  44.37 
 
 		 455 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1267  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  31.15 
 
 		 465 aa  248  2e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1203  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.26 
 
 		 530 aa  243  6e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1759  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  31.39 
 
 		 543 aa  242  9e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0611  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  31.03 
 
 		 541 aa  237  3e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000296821  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1421  beta-lactamase domain-containing protein  36.17 
 
 		 524 aa  236  5.0000000000000005e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1781  metallo-beta-lactamase family protein  32.83 
 
 		 535 aa  236  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.133044  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0768  beta-lactamase domain protein  32.71 
 
 		 451 aa  236  7e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000108746  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0828  beta-lactamase domain-containing protein  37.26 
 
 		 476 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0969398  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0726  beta-lactamase domain protein  35.06 
 
 		 465 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.723322 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0642  exonuclease  33.26 
 
 		 469 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000258182  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0851  beta-lactamase domain protein  31.51 
 
 		 464 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1187  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.68 
 
 		 536 aa  233  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.177034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2679  metallo-beta-lactamase family protein  33.47 
 
 		 462 aa  233  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2304  beta-lactamase domain protein  33.47 
 
 		 462 aa  233  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.73146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1456  beta-lactamase domain protein  30.96 
 
 		 464 aa  233  8.000000000000001e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0588  metallo-beta-lactamase superfamily protein  35.08 
 
 		 464 aa  232  9e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2692  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.99 
 
 		 450 aa  229  6e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0719706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0490  beta-lactamase domain-containing protein  35.59 
 
 		 463 aa  229  7e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.955165 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0024  beta-lactamase-like  32.77 
 
 		 465 aa  229  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3602  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.81 
 
 		 490 aa  228  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000350398  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1400  beta-lactamase domain-containing protein  32.34 
 
 		 535 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.736343  normal  0.560132 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1277  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  30.57 
 
 		 540 aa  227  4e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_933  metallo-beta-lactamase  30.92 
 
 		 467 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000465053  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1601  beta-lactamase domain-containing protein  32.48 
 
 		 536 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17570  hypothetical protein  33.96 
 
 		 467 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1526  hypothetical protein  33.82 
 
 		 467 aa  226  9e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.2328  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0473  beta-lactamase domain protein  31.22 
 
 		 515 aa  225  1e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0537  aspartate kinase  34.32 
 
 		 480 aa  225  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0497  metallo-beta-lactamase family protein  34.66 
 
 		 484 aa  225  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1341  beta-lactamase domain protein  32.34 
 
 		 465 aa  224  2e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0305  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  32.07 
 
 		 525 aa  224  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0705  beta-lactamase domain-containing protein  30.54 
 
 		 525 aa  224  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1677  beta-lactamase domain protein  32.08 
 
 		 544 aa  223  4e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3334  beta-lactamase domain-containing protein  33.19 
 
 		 478 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0816  beta-lactamase domain protein  33.96 
 
 		 462 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01524  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  31.87 
 
 		 455 aa  222  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2586  beta-lactamase domain-containing protein  32.24 
 
 		 465 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  0.494624 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3953  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.4 
 
 		 480 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1266  beta-lactamase-like protein  33.4 
 
 		 469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23851  normal  0.0118241 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1747  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  30.77 
 
 		 467 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3827  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.4 
 
 		 480 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4158  aspartate kinase  34.17 
 
 		 478 aa  221  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1075  beta-lactamase domain protein  32.06 
 
 		 522 aa  221  3e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3771  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.4 
 
 		 480 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0539  RNA-metabolizing metallo-beta-lactamase  34.53 
 
 		 480 aa  221  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3492  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.53 
 
 		 480 aa  221  3e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0925  beta-lactamase domain protein  32.64 
 
 		 464 aa  220  5e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2033  beta-lactamase domain protein  30.43 
 
 		 536 aa  219  7e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0394  beta-lactamase domain protein  30.59 
 
 		 547 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1382  beta-lactamase-like protein  33.68 
 
 		 455 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1061  metallo-beta-lactamase family protein  30.15 
 
 		 468 aa  218  2e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1185  beta-lactamase domain-containing protein  31.34 
 
 		 447 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000645588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  34.26 
 
 		 485 aa  218  2.9999999999999998e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1566  beta-lactamase domain protein  31.43 
 
 		 531 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6202  beta-lactamase domain-containing protein  33.96 
 
 		 470 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0171  beta-lactamase domain protein  30.87 
 
 		 536 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000341552 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1299  beta-lactamase domain protein  33.12 
 
 		 470 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.591175  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0541  metallo-beta-lactamase family protein  32.57 
 
 		 478 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1898  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.64 
 
 		 532 aa  213  7e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6526  beta-lactamase domain-containing protein  33.61 
 
 		 468 aa  213  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  34.74 
 
 		 457 aa  213  7e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1830  beta-lactamase domain protein  33.55 
 
 		 462 aa  211  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1772  beta-lactamase domain-containing protein  31.8 
 
 		 465 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1284  beta-lactamase domain-containing protein  34.18 
 
 		 467 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.818199 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38530  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase family protein  32.43 
 
 		 468 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0506935  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3327  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  33.4 
 
 		 481 aa  211  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0992  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  31.36 
 
 		 470 aa  209  8e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2742  metallo-beta-lactamase family protein  33.54 
 
 		 472 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.213611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2599  metallo-beta-lactamase family protein  33.33 
 
 		 472 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0168  metallo-beta-lactamase family protein  33.54 
 
 		 459 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1339  metallo-beta-lactamase family protein  33.54 
 
 		 472 aa  209  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0195  metallo-beta-lactamase family protein  33.54 
 
 		 472 aa  209  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5891  beta-lactamase domain-containing protein  33.81 
 
 		 467 aa  208  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1906  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  34.66 
 
 		 466 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0103  beta-lactamase domain protein  28.87 
 
 		 465 aa  207  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1013  metallo-beta-lactamase family protein  33.4 
 
 		 603 aa  207  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  32.14 
 
 		 452 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3232  beta-lactamase domain-containing protein  32.98 
 
 		 489 aa  206  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>