More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2715 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.25 
 
 
253 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120533  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.64 
 
 
252 aa  329  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.64 
 
 
252 aa  329  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.64 
 
 
252 aa  329  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.13 
 
 
252 aa  323  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.717982 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.61 
 
 
248 aa  262  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  47.28 
 
 
252 aa  215  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2769  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.9 
 
 
252 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
251 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.315729  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130584  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.93 
 
 
256 aa  186  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.117974  normal  0.033856 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.434402  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.81 
 
 
253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16840  short-chain dehydrogenase, teichoic and lipoteichoic acid D-alanine esterification  46.15 
 
 
256 aa  183  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0203884 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
249 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.898611  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
264 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
250 aa  159  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.65 
 
 
257 aa  158  9e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1582  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.78 
 
 
253 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
258 aa  154  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
247 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
264 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427609  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
253 aa  138  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00176111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 
241 aa  133  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
260 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.488757  normal  0.0305569 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.24 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
242 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.57822  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243051  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 
256 aa  122  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0044  D-alanine transfer protein, short-chain dehydrogenase  31.36 
 
 
263 aa  120  3e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.170136  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10469  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G01330)  34.18 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.331607  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277781  normal  0.0166501 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
278 aa  118  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0143  Short-chain dehydrogenase (D-alanine transfer protein)  35.29 
 
 
261 aa  109  5e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3201  oxidoreductase protein  42.58 
 
 
179 aa  108  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0457415 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 
251 aa  105  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.125126  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
241 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.200672  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
273 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.57 
 
 
247 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.938804 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 
252 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000475718  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2258  oxidoreductase  31.3 
 
 
244 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.188796  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
250 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
268 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  33.17 
 
 
240 aa  102  6e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.98 
 
 
249 aa  102  6e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
246 aa  102  8e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2285  short chain dehydrogenase  31.14 
 
 
233 aa  102  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
230 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  36.05 
 
 
279 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0345  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.69 
 
 
248 aa  100  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  34.76 
 
 
286 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
360 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 
268 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05556  conserved hypothetical protein  33.48 
 
 
266 aa  99.8  4e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.98 
 
 
249 aa  99.8  4e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.45 
 
 
249 aa  99  7e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46707  predicted protein  31.53 
 
 
260 aa  98.2  1e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.125621  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 
268 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.27 
 
 
267 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 
274 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0088  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0587  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.9 
 
 
257 aa  97.8  2e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3095  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2001  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0426  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
281 aa  96.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0406  short chain dehydrogenase  32.59 
 
 
237 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.603523  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  32.28 
 
 
264 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 
248 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 
245 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.978262  normal  0.20317 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  32.43 
 
 
268 aa  95.5  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
268 aa  95.5  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
260 aa  95.1  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05379  conserved hypothetical protein  30.98 
 
 
365 aa  94.7  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.228242  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
288 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 
238 aa  94.7  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 
330 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 
271 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.1246  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  32.8 
 
 
268 aa  94.4  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1484  short chain dehydrogenase  30.96 
 
 
238 aa  94  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0301161  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.16 
 
 
276 aa  94  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  33.15 
 
 
270 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.81 
 
 
338 aa  93.6  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
288 aa  93.2  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
288 aa  93.2  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
288 aa  93.2  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
288 aa  93.2  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
284 aa  93.2  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
272 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
256 aa  93.2  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.92 
 
 
264 aa  93.6  3e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>