More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2855 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  508  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243051  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.96 
 
 
246 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277781  normal  0.0166501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.64 
 
 
241 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.200672  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
248 aa  216  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
247 aa  206  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
256 aa  159  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
241 aa  156  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
250 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130584  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
247 aa  141  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.938804 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
264 aa  137  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.117974  normal  0.033856 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
253 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.99 
 
 
256 aa  129  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.434402  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
254 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00176111  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
260 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.488757  normal  0.0305569 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2258  oxidoreductase  32.51 
 
 
244 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.188796  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  42.02 
 
 
252 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2769  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.89 
 
 
252 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
249 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.898611  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120533  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
252 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
252 aa  122  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.717982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
252 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
252 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
251 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1582  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  40.43 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.01 
 
 
247 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
248 aa  119  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427609  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.315729  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0044  D-alanine transfer protein, short-chain dehydrogenase  27.27 
 
 
263 aa  113  3e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.170136  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
240 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10469  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G01330)  30.57 
 
 
264 aa  104  1e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.331607  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0143  Short-chain dehydrogenase (D-alanine transfer protein)  37.77 
 
 
261 aa  104  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3201  oxidoreductase protein  39.64 
 
 
179 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0457415 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.01 
 
 
251 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16840  short-chain dehydrogenase, teichoic and lipoteichoic acid D-alanine esterification  33.19 
 
 
256 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0203884 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
253 aa  102  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
242 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
262 aa  99.8  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.207826 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80053  NADP(+)-dependent dehydrogenase acts on serine, L-allo-threonine, and other 3-hydroxy acids  35.53 
 
 
269 aa  99  7e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  33.69 
 
 
270 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
270 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 
241 aa  95.5  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.57822  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  35.64 
 
 
251 aa  95.1  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 
252 aa  95.1  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000475718  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  33.87 
 
 
298 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
268 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  94.7  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00618  conserved hypothetical protein  34.13 
 
 
268 aa  94  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.767704 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
264 aa  94  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  32.8 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  33.16 
 
 
255 aa  93.2  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
272 aa  93.2  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00179  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G11240)  33.65 
 
 
313 aa  91.7  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.983253  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  32.8 
 
 
274 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
261 aa  91.3  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000076045 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
259 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2321  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  33.17 
 
 
275 aa  90.1  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.195083 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
263 aa  90.1  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46707  predicted protein  36.61 
 
 
260 aa  90.1  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.125621  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
271 aa  90.1  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.61951 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
261 aa  89.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
360 aa  89.4  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1011  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
258 aa  89  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.968961  hitchhiker  0.00922057 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3959  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  33.67 
 
 
253 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
250 aa  88.6  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  31.42 
 
 
253 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000142595  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0971  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.64 
 
 
248 aa  88.6  9e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
335 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
268 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.25 
 
 
230 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  35.29 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.51 
 
 
254 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4256  hypothetical protein  29.88 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.124137  normal  0.459101 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
251 aa  87.4  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
254 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.69 
 
 
281 aa  87  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
253 aa  87.8  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.84 
 
 
263 aa  87.4  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  31.63 
 
 
257 aa  87  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
251 aa  86.3  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4040  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
264 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.128419  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  34.76 
 
 
249 aa  86.3  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
275 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
239 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
263 aa  86.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5585  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
265 aa  85.9  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.892025  normal  0.853623 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
269 aa  85.9  6e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.316114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>