More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3209 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 268 aa  543  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  76.78 
 
 		 268 aa  428  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  75.66 
 
 		 268 aa  424  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  72.39 
 
 		 268 aa  411  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6137  short chain dehydrogenase  72.76 
 
 		 268 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  0.683407 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1300  short chain dehydrogenase  72.01 
 
 		 268 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6530  short chain dehydrogenase  72.01 
 
 		 268 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3322  short chain dehydrogenase  71.64 
 
 		 268 aa  387  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0896668  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3447  short chain dehydrogenase  70.52 
 
 		 268 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 		 270 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 		 273 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 		 273 aa  235  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  48.13 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  45.38 
 
 		 272 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  46.99 
 
 		 284 aa  225  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  46.72 
 
 		 271 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 		 275 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 		 272 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  43.54 
 
 		 270 aa  215  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 		 271 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 		 270 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 		 274 aa  208  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  45.69 
 
 		 270 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 		 269 aa  207  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  44.65 
 
 		 272 aa  198  7.999999999999999e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.52 
 
 		 246 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.664099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  41.38 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  41.88 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 		 338 aa  163  2.0000000000000002e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  39.91 
 
 		 273 aa  163  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 		 291 aa  161  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  45.88 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  37.33 
 
 		 272 aa  159  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  39.65 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.09 
 
 		 268 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.09 
 
 		 268 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 280 aa  158  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  39.46 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.52 
 
 		 279 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 273 aa  158  9e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.94 
 
 		 275 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 		 277 aa  155  9e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 266 aa  153  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 272 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 		 272 aa  152  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  38.86 
 
 		 279 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.42 
 
 		 271 aa  152  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 		 272 aa  152  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 		 306 aa  150  1e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 		 282 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 		 268 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 		 275 aa  148  8e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  43.98 
 
 		 282 aa  148  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  41.21 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  39.73 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 		 281 aa  145  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  39.48 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 		 267 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 		 281 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 		 272 aa  142  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 281 aa  142  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 		 276 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 		 267 aa  141  9e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.77 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  38.86 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.81 
 
 		 272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  33.71 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.18 
 
 		 273 aa  139  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.01823 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 291 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 		 300 aa  138  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  35.16 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  33.71 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  40.44 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 		 276 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>