More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1113 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  550  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.39 
 
 
267 aa  304  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.99 
 
 
273 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.17 
 
 
268 aa  254  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.13 
 
 
265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.29 
 
 
266 aa  251  6e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.0308076 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.24 
 
 
268 aa  246  3e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
272 aa  222  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 
271 aa  208  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
271 aa  208  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
282 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
272 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
273 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0196176  normal  0.613777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
272 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075991 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
289 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.137743 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
247 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00179214  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
281 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
247 aa  152  8e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104553  normal  0.448539 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  35.94 
 
 
279 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
249 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
286 aa  149  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
245 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
317 aa  149  6e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0401  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  38.1 
 
 
259 aa  148  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0616963  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1384  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.95107 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
284 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
249 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.526934  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.51 
 
 
275 aa  145  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  34.01 
 
 
244 aa  145  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  39.89 
 
 
284 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
242 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
248 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
247 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880623  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
256 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
267 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  39.25 
 
 
282 aa  143  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
276 aa  142  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  35.12 
 
 
304 aa  142  5e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
247 aa  142  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.505512  normal  0.660944 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
278 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.88 
 
 
284 aa  141  9.999999999999999e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
276 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
249 aa  138  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564594  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 
276 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
271 aa  137  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
338 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12368  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  39.62 
 
 
278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  34.13 
 
 
275 aa  136  4e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 
274 aa  135  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
314 aa  135  9e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
275 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
286 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
280 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
306 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
282 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  33.33 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.39 
 
 
271 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
274 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
273 aa  133  3e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  34.7 
 
 
276 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  40 
 
 
285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1744  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
275 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324234  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
295 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.73 
 
 
270 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 
287 aa  132  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  35.53 
 
 
274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12080  short-chain alcohol dehydrogenase  34.51 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.3 
 
 
273 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
270 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748494  normal  0.932613 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
279 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
277 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.38 
 
 
274 aa  129  6e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  40.43 
 
 
283 aa  128  8.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.24 
 
 
285 aa  128  8.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.56 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  34.11 
 
 
847 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>