More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3541 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 270 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  84.76 
 
 		 270 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.63 
 
 		 273 aa  322  6e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.63 
 
 		 273 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.89 
 
 		 271 aa  315  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  56.46 
 
 		 271 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  61.07 
 
 		 286 aa  305  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.44 
 
 		 275 aa  299  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  55.02 
 
 		 272 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  53.53 
 
 		 272 aa  292  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  55.81 
 
 		 270 aa  290  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.32 
 
 		 246 aa  290  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.664099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  54.07 
 
 		 284 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  53.14 
 
 		 274 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  51.31 
 
 		 272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  45.21 
 
 		 268 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 		 268 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 		 268 aa  219  5e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  43.98 
 
 		 268 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  45.77 
 
 		 270 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.04 
 
 		 269 aa  212  4.9999999999999996e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3447  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 268 aa  208  9e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3322  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 268 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0896668  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6137  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 268 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  0.683407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6530  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 268 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1300  short chain dehydrogenase  43.08 
 
 		 268 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  174  9e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 268 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  37.91 
 
 		 276 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  37.59 
 
 		 287 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 		 291 aa  165  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 		 268 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 		 268 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 		 276 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  36.3 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 280 aa  158  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 		 280 aa  158  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 		 307 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 		 283 aa  158  9e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  34.91 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.59 
 
 		 273 aa  156  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 		 279 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.6 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  35.53 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 338 aa  152  7e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.85 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.31 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  34.69 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 		 281 aa  149  7e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 		 286 aa  148  9e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 		 272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.85 
 
 		 273 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 		 276 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  30.51 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.68 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 		 266 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.06 
 
 		 267 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 		 273 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  34.81 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 		 278 aa  141  9e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.71 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  31.14 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  35.42 
 
 		 847 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.5 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 		 256 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  34.55 
 
 		 277 aa  138  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 		 277 aa  138  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 		 269 aa  138  8.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.15 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.99 
 
 		 267 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  37.2 
 
 		 847 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  40.11 
 
 		 280 aa  135  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 344 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  38.15 
 
 		 244 aa  135  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 279 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>