More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2479 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 279 aa  566  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  82.08 
 
 		 279 aa  471  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  70.61 
 
 		 283 aa  411  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  71.38 
 
 		 278 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  68.82 
 
 		 287 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  56.88 
 
 		 278 aa  317  1e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  53.58 
 
 		 277 aa  287  1e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  49.25 
 
 		 273 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.85 
 
 		 291 aa  285  4e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 		 267 aa  284  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  52.06 
 
 		 276 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  51.12 
 
 		 278 aa  277  2e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 		 277 aa  266  4e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  50.57 
 
 		 276 aa  262  4.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.28 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  40.44 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.26 
 
 		 285 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  44.06 
 
 		 277 aa  205  8e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  40.59 
 
 		 274 aa  201  9.999999999999999e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.22 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  40.58 
 
 		 283 aa  199  5e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  39.86 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.32 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  41.43 
 
 		 275 aa  186  4e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.36 
 
 		 275 aa  185  6e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 		 272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 		 272 aa  179  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 		 285 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 271 aa  175  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  37.73 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  36.26 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  37.73 
 
 		 281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 		 271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 		 271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  38.41 
 
 		 286 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 		 272 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  49.19 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 273 aa  171  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 		 291 aa  169  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 		 276 aa  170  3e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.65 
 
 		 279 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  37.41 
 
 		 344 aa  167  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  43.86 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 		 280 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  48.92 
 
 		 276 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 		 291 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 		 269 aa  166  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 		 317 aa  165  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 		 271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.36 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 		 272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  49.2 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  49.2 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  49.2 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  40.15 
 
 		 285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.93 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 273 aa  162  6e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  38.38 
 
 		 286 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  47.59 
 
 		 277 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 		 267 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 		 275 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  47.57 
 
 		 276 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  47.57 
 
 		 276 aa  159  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  48.39 
 
 		 280 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 267 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  35.66 
 
 		 279 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0934887  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  45.95 
 
 		 280 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  48.92 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.01 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.1 
 
 		 284 aa  156  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 		 280 aa  157  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  48.66 
 
 		 277 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  44.09 
 
 		 275 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37 
 
 		 270 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  39.91 
 
 		 284 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 		 289 aa  155  7e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 246 aa  155  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.664099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 270 aa  155  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  37.45 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  39 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  31.87 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 		 268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>