More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0983 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 277 aa  565  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 		 267 aa  291  1e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  49.81 
 
 		 287 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 		 279 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  52.08 
 
 		 279 aa  265  5.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  49.26 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  49.09 
 
 		 283 aa  263  3e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  50.94 
 
 		 278 aa  260  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  47.83 
 
 		 276 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  47.29 
 
 		 276 aa  255  5e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  45.19 
 
 		 273 aa  249  4e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  48.15 
 
 		 278 aa  246  3e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.89 
 
 		 291 aa  242  5e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  45.93 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 285 aa  202  4e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 		 280 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.68 
 
 		 275 aa  193  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 		 272 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 267 aa  187  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  38.57 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  40.82 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 		 338 aa  176  4e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 272 aa  176  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.8 
 
 		 274 aa  175  6e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  38.87 
 
 		 275 aa  175  7e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 		 273 aa  174  9.999999999999999e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  37.68 
 
 		 272 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  37.09 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 		 291 aa  169  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.79 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.48 
 
 		 272 aa  167  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  36.9 
 
 		 283 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 		 317 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  35 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  34.86 
 
 		 286 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.82 
 
 		 273 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  34.64 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 276 aa  163  3e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 276 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 		 282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  37.21 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 280 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 285 aa  159  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 		 272 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 280 aa  159  6e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.19 
 
 		 271 aa  158  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 		 269 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.78 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 		 268 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  34.31 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 		 273 aa  155  8e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  38.35 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.72 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 273 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  31.65 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 275 aa  152  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 273 aa  151  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 268 aa  151  8.999999999999999e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.74 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  36.1 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  38.83 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 281 aa  149  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 		 272 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.99 
 
 		 272 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  36.54 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 271 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>