More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2654 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
265 aa  542  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.05 
 
 
267 aa  328  5.0000000000000004e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.36 
 
 
268 aa  304  8.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
268 aa  297  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.38 
 
 
273 aa  296  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
268 aa  293  1e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
266 aa  291  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.0308076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.13 
 
 
268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 
272 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
271 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.11 
 
 
271 aa  212  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
272 aa  209  5e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
282 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
273 aa  159  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0196176  normal  0.613777 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
242 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  40.8 
 
 
244 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
272 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075991 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
245 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
249 aa  152  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
275 aa  151  8e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  42.7 
 
 
280 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
284 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
272 aa  149  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.526934  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.46 
 
 
273 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
247 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00179214  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 
284 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
289 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.137743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
247 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104553  normal  0.448539 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12368  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.1 
 
 
274 aa  145  8.000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 
344 aa  145  9e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
247 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.505512  normal  0.660944 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
279 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
300 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
276 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
267 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
314 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
276 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
279 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
274 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  41.62 
 
 
280 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 
277 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
267 aa  142  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.1 
 
 
287 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  34.85 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880623  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
276 aa  139  3e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  32.93 
 
 
275 aa  140  3e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
272 aa  139  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 
286 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
307 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
307 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  42.55 
 
 
277 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
282 aa  137  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 
276 aa  137  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
293 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 
279 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
277 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
278 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
284 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
327 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  37.36 
 
 
278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
284 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
275 aa  135  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
273 aa  135  5e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
285 aa  135  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
276 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  37.2 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 
282 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 
280 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  34.1 
 
 
277 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  34.1 
 
 
277 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  34.1 
 
 
277 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
249 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748494  normal  0.932613 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
269 aa  132  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  36.74 
 
 
276 aa  131  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
291 aa  131  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.1 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  34.84 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  38.92 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  37.43 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
272 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
338 aa  130  3e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
292 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  36.87 
 
 
274 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 
277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>