More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1020 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0196176  normal  0.613777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70 
 
 
272 aa  397  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
272 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
271 aa  193  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
272 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.63 
 
 
273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
267 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
271 aa  178  9e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
266 aa  169  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.0308076 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
268 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
268 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
268 aa  165  6.9999999999999995e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
265 aa  159  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
268 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
276 aa  148  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
279 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
277 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
314 aa  142  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
282 aa  142  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.47 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.6 
 
 
273 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
276 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
338 aa  139  4.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
287 aa  138  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
317 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  41.53 
 
 
274 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
280 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
279 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
276 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  42.54 
 
 
279 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 
273 aa  134  9.999999999999999e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.36 
 
 
281 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 
274 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  40.44 
 
 
244 aa  132  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
286 aa  132  6e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
278 aa  132  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
283 aa  132  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
280 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  34.18 
 
 
847 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  34.88 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
281 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
279 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 
276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 
291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  43.5 
 
 
278 aa  129  7.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
280 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  34.16 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
271 aa  126  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 
278 aa  126  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
249 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
275 aa  125  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  31.35 
 
 
284 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0401  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  39.46 
 
 
259 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0616963  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  38.12 
 
 
287 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 
284 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
287 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
276 aa  124  1e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  33.1 
 
 
291 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 
283 aa  124  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
276 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
284 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
272 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  32.73 
 
 
847 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
278 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 
274 aa  123  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
280 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
282 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
285 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
279 aa  122  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  33.1 
 
 
291 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
285 aa  122  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00800542  normal  0.26199 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
277 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  39.46 
 
 
268 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  33.1 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
284 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  40.68 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  33.33 
 
 
278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  33.1 
 
 
281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  33.08 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
276 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
281 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
274 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
279 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 
280 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.11 
 
 
248 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>