More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1374 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
276 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.72 
 
 
245 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  54.66 
 
 
244 aa  252  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
247 aa  231  7.000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.505512  normal  0.660944 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
256 aa  228  6e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
247 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104553  normal  0.448539 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.46 
 
 
289 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.137743 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.23 
 
 
247 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00179214  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 
242 aa  222  6e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0401  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  51.08 
 
 
259 aa  211  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0616963  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.3 
 
 
245 aa  209  3e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.131331 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
249 aa  208  8e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
248 aa  206  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
247 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880623  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1384  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.54 
 
 
249 aa  205  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.95107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
271 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
247 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12368  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.45 
 
 
282 aa  201  9e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
249 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748494  normal  0.932613 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0662  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
249 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.493963  normal  0.469625 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.54 
 
 
249 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564594  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.12 
 
 
249 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.12 
 
 
249 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
272 aa  190  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.12 
 
 
249 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.526934  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.05 
 
 
249 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.05 
 
 
249 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.912648  hitchhiker  0.00281141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
272 aa  182  8.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
268 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
265 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
266 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.0308076 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.2 
 
 
268 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
273 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0196176  normal  0.613777 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
268 aa  156  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
276 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
268 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 
272 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075991 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  41.35 
 
 
274 aa  150  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.93 
 
 
307 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.38 
 
 
272 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  36.04 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
275 aa  145  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  36 
 
 
268 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
273 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
314 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  43.55 
 
 
279 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
277 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.02 
 
 
299 aa  143  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  41.21 
 
 
298 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
286 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
276 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  45.05 
 
 
272 aa  141  9e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  43.1 
 
 
284 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.89 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  40.34 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
284 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.81 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
280 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.99 
 
 
273 aa  139  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
344 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 
286 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.69 
 
 
282 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
272 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  35.58 
 
 
847 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
276 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
329 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.821163 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
275 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  42.46 
 
 
280 aa  136  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.05 
 
 
306 aa  135  7.000000000000001e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  42.61 
 
 
303 aa  135  9e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.41 
 
 
271 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
285 aa  134  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  37.07 
 
 
284 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3447  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
286 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
285 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00800542  normal  0.26199 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
284 aa  133  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
279 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.96036  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
272 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
269 aa  132  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 
278 aa  132  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
274 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
280 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
273 aa  133  3.9999999999999996e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
275 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  42.78 
 
 
268 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12080  short-chain alcohol dehydrogenase  36.18 
 
 
266 aa  132  6e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
293 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>