More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0892 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0892  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
336 aa  685    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1777  tyrosyl-tRNA synthetase  80.63 
 
 
315 aa  532  1e-150  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2108  tyrosyl-tRNA synthetase  77.56 
 
 
314 aa  521  1e-147  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.253913  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0791  tyrosyl-tRNA synthetase  82.15 
 
 
319 aa  514  1.0000000000000001e-145  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2152  tyrosyl-tRNA synthetase  45.76 
 
 
352 aa  276  3e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000000510287  hitchhiker  0.000433253 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1058  tyrosyl-tRNA synthetase  41.64 
 
 
361 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.07011  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0042  tyrosyl-tRNA synthetase  41.34 
 
 
338 aa  243  3e-63  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1048  tyrosyl-tRNA synthetase  38.48 
 
 
325 aa  209  4e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0795852  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1266  tyrosyl-tRNA synthetase  37.07 
 
 
309 aa  193  4e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0194  tyrosyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
317 aa  193  4e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0360156  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0690  tyrosyl-tRNA synthetase  37.69 
 
 
311 aa  192  6e-48  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.118103  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2498  tyrosyl-tRNA synthetase  37.42 
 
 
315 aa  191  1e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1410  tyrosyl-tRNA synthetase  37.07 
 
 
309 aa  189  4e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1276  tyrosyl-tRNA synthetase  35.89 
 
 
319 aa  187  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2791  tyrosyl-tRNA synthetase  36.16 
 
 
316 aa  186  5e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0439459  normal  0.169169 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2062  tyrosyl-tRNA synthetase  38.66 
 
 
372 aa  182  6e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1734  tyrosyl-tRNA synthetase  34.37 
 
 
317 aa  181  2e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.446224  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1463  tyrosyl-tRNA synthetase  34.97 
 
 
317 aa  181  2e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.056145  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1080  tyrosyl-tRNA synthetase  37.27 
 
 
326 aa  179  4.999999999999999e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.206191  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1745  tyrosyl-tRNA synthetase  33.96 
 
 
317 aa  178  9e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2463  tyrosyl-tRNA synthetase  33.95 
 
 
313 aa  178  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00510009  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0733  tyrosyl-tRNA synthetase  37.21 
 
 
372 aa  176  4e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2505  tyrosyl-tRNA synthetase  35.82 
 
 
328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.40451 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2672  tyrosyl-tRNA synthetase  35.22 
 
 
331 aa  172  9e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2290  tyrosyl-tRNA synthetase  40.29 
 
 
372 aa  171  1e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.161586 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1932  tyrosyl-tRNA synthetase  37.69 
 
 
372 aa  168  1e-40  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2455  tyrosyl-tRNA synthetase  33.54 
 
 
313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1659  tyrosyl-tRNA synthetase  34.38 
 
 
388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.661585  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1751  tyrosyl-tRNA synthetase  31.17 
 
 
348 aa  163  3e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0894  tyrosyl-tRNA synthetase  33.63 
 
 
374 aa  155  6e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.652771  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15823  predicted protein  32.53 
 
 
349 aa  151  2e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.263243  normal  0.149739 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2529  tyrosyl-tRNA synthetase  29.34 
 
 
345 aa  137  4e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0676026  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2565  tyrosyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
345 aa  120  3e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.134305 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45368  predicted protein  33.61 
 
 
791 aa  114  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.415443  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00057  tyrosyl-tRNA synthetase, putative (Eurofung)  28.32 
 
 
397 aa  110  3e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.857416 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74631  tyrosyl-tRNA synthetase  26.09 
 
 
404 aa  103  4e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01310  phosphoribosylamidoimidazole-succinocarboxamide synthase, putative  27.79 
 
 
824 aa  100  3e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  27.72 
 
 
401 aa  82.8  0.000000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  28.68 
 
 
405 aa  80.9  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0845  tyrosyl-tRNA synthetase  26.47 
 
 
426 aa  80.5  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  25.74 
 
 
407 aa  80.1  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  25.99 
 
 
407 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  24.37 
 
 
398 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  28.05 
 
 
401 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1468  tyrosyl-tRNA synthetase  25.86 
 
 
400 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  26.22 
 
 
398 aa  77  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0576  tyrosyl-tRNA synthetase  27.25 
 
 
396 aa  77.4  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0601  tyrosyl-tRNA synthetase  27.68 
 
 
396 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00761156  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  26.29 
 
 
400 aa  75.5  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  23.87 
 
 
398 aa  75.5  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  26.09 
 
 
432 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_541  tyrosyl-tRNA synthetase  27.38 
 
 
396 aa  74.7  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.32758  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  24.72 
 
 
413 aa  74.7  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  24.66 
 
 
412 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  26.48 
 
 
413 aa  73.9  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1970  tyrosyl-tRNA synthetase  25.31 
 
 
403 aa  73.2  0.000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.362658  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  26.01 
 
 
438 aa  73.2  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3541  tyrosyl-tRNA synthetase  28.94 
 
 
398 aa  72.8  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0944  tyrosyl-tRNA synthetase  25.2 
 
 
447 aa  72.8  0.000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.567756  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  27.63 
 
 
401 aa  72.8  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  27.63 
 
 
401 aa  72.8  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3386  tyrosyl-tRNA synthetase  24.55 
 
 
400 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08370  tyrosyl-tRNA synthetase  27.27 
 
 
405 aa  72  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.464474 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  25.25 
 
 
396 aa  72.4  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  25.33 
 
 
395 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  24.11 
 
 
398 aa  71.2  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1723  tyrosyl-tRNA synthetase  25.18 
 
 
398 aa  71.6  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543628  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  25.13 
 
 
392 aa  70.9  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2269  tyrosyl-tRNA synthetase  25.42 
 
 
403 aa  70.9  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414234 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  26.49 
 
 
399 aa  70.1  0.00000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  24.44 
 
 
406 aa  70.1  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  25.5 
 
 
404 aa  70.1  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02330  tyrosyl-tRNA synthetase  24.54 
 
 
403 aa  69.3  0.00000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.083172  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  24.07 
 
 
414 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  25.95 
 
 
399 aa  68.9  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1311  tyrosyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 
388 aa  68.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000763452  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  24.68 
 
 
395 aa  68.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4044  tyrosyl-tRNA synthetase  25.45 
 
 
433 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225408  normal  0.0290637 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  26.34 
 
 
395 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  28.14 
 
 
399 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4045  tyrosyl-tRNA synthetase  25.5 
 
 
410 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  26.27 
 
 
413 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  26.27 
 
 
413 aa  67.8  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1546  tyrosyl-tRNA synthetase  25.18 
 
 
410 aa  67.8  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.211898  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0588  tyrosyl-tRNA synthetase  24.21 
 
 
403 aa  67.4  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00683761  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  26.18 
 
 
399 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  22.4 
 
 
401 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  22.63 
 
 
402 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  26 
 
 
399 aa  66.2  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  25.79 
 
 
401 aa  66.2  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2556  Tryptophan--tRNA ligase  29.55 
 
 
321 aa  66.2  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232366  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  26.01 
 
 
399 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  24.45 
 
 
432 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  26.46 
 
 
399 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000021558  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  26.25 
 
 
407 aa  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  25.63 
 
 
421 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  27.6 
 
 
399 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  26.97 
 
 
413 aa  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  27.41 
 
 
395 aa  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  24.2 
 
 
400 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>