More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4044 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4044  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
433 aa  892    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225408  normal  0.0290637 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3386  tyrosyl-tRNA synthetase  68.66 
 
 
400 aa  541  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1468  tyrosyl-tRNA synthetase  48.45 
 
 
400 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  45.78 
 
 
404 aa  367  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  46.45 
 
 
407 aa  361  2e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  44.78 
 
 
413 aa  360  4e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  45.73 
 
 
432 aa  355  1e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  45.69 
 
 
405 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
413 aa  348  1e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  43.37 
 
 
412 aa  346  4e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  45.62 
 
 
407 aa  346  4e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  47.03 
 
 
399 aa  344  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  43.72 
 
 
406 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1723  tyrosyl-tRNA synthetase  45.14 
 
 
398 aa  341  1e-92  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543628  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3085  tyrosyl-tRNA synthetase  44.3 
 
 
407 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2686  tyrosyl-tRNA synthetase  44.3 
 
 
405 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000803186  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  43.97 
 
 
398 aa  338  9.999999999999999e-92  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0477  tyrosyl-tRNA synthetase  44.74 
 
 
396 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  45.76 
 
 
397 aa  336  5e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  44.5 
 
 
400 aa  334  1e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  42.67 
 
 
402 aa  335  1e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  44.07 
 
 
401 aa  334  2e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  41.84 
 
 
400 aa  333  2e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  45.13 
 
 
398 aa  334  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  45.76 
 
 
397 aa  334  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  45.24 
 
 
399 aa  334  2e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  44.33 
 
 
401 aa  333  3e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  42.31 
 
 
401 aa  332  6e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  43.48 
 
 
392 aa  332  7.000000000000001e-90  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  44.92 
 
 
398 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  45.99 
 
 
399 aa  332  8e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  43.44 
 
 
398 aa  331  1e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  45.38 
 
 
397 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  44.87 
 
 
398 aa  331  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  48.72 
 
 
395 aa  331  2e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  44.87 
 
 
398 aa  331  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1546  tyrosyl-tRNA synthetase  41.27 
 
 
410 aa  329  6e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.211898  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  45.22 
 
 
395 aa  329  6e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  45.13 
 
 
397 aa  329  7e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  45.13 
 
 
397 aa  329  7e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  44.62 
 
 
408 aa  328  8e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  46.74 
 
 
395 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  42.6 
 
 
401 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08370  tyrosyl-tRNA synthetase  42.13 
 
 
405 aa  327  3e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.464474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  44.36 
 
 
398 aa  327  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 
403 aa  327  3e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  45.01 
 
 
398 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  42.46 
 
 
398 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  45.14 
 
 
399 aa  326  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2206  tyrosyl-tRNA synthetase  44.41 
 
 
399 aa  325  7e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  42.71 
 
 
413 aa  325  7e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  43.05 
 
 
401 aa  324  2e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3822  tyrosyl-tRNA synthetase  43.33 
 
 
404 aa  324  2e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  46.46 
 
 
395 aa  323  4e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  44.87 
 
 
398 aa  323  5e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  42.24 
 
 
403 aa  322  6e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3069  tyrosyl-tRNA synthetase  41.84 
 
 
413 aa  322  7e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.498889  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0058  tyrosyl-tRNA synthetase  42.67 
 
 
397 aa  321  9.999999999999999e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0528  tyrosyl-tRNA synthetase  42.78 
 
 
405 aa  322  9.999999999999999e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.445418  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  41.95 
 
 
401 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  42.13 
 
 
403 aa  320  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 
399 aa  320  3e-86  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  43.7 
 
 
398 aa  320  3e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  41.07 
 
 
408 aa  319  5e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  44.64 
 
 
438 aa  319  6e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  42.28 
 
 
399 aa  318  1e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1161  tyrosyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 
402 aa  317  2e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  43.85 
 
 
398 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  41.89 
 
 
407 aa  317  3e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  49.83 
 
 
398 aa  317  3e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  40.84 
 
 
395 aa  317  4e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  40.69 
 
 
399 aa  316  4e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  41.62 
 
 
404 aa  316  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  41.52 
 
 
406 aa  316  5e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  41.21 
 
 
397 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  39.45 
 
 
399 aa  313  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  43.43 
 
 
403 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  42.2 
 
 
403 aa  312  5.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  40.79 
 
 
405 aa  311  1e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  41.84 
 
 
402 aa  311  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000157826  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  46.45 
 
 
399 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  41.13 
 
 
396 aa  310  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000135795  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0568  tyrosyl-tRNA synthetase  40.51 
 
 
405 aa  311  2e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.74175  normal  0.29501 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  47.1 
 
 
399 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  47.47 
 
 
400 aa  310  4e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0576  tyrosyl-tRNA synthetase  43.16 
 
 
396 aa  310  5e-83  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02330  tyrosyl-tRNA synthetase  42.42 
 
 
403 aa  309  5e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.083172  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  45.86 
 
 
399 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 
403 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  42.28 
 
 
403 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  48.8 
 
 
399 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  47.35 
 
 
410 aa  307  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0140  tyrosyl-tRNA synthetase  40.26 
 
 
393 aa  307  3e-82  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.485656  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  48.45 
 
 
399 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  48.45 
 
 
399 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  45.95 
 
 
399 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0611  tyrosyl-tRNA synthetase  47.02 
 
 
410 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0814  tyrosyl-tRNA synthetase  41.41 
 
 
405 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000175629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  47.83 
 
 
403 aa  305  7e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 
410 aa  306  7e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>