More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0528 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0528  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
405 aa  835    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.445418  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  77.28 
 
 
405 aa  645    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0814  tyrosyl-tRNA synthetase  77.53 
 
 
405 aa  651    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000175629  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0568  tyrosyl-tRNA synthetase  75.75 
 
 
405 aa  631  1e-180  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.74175  normal  0.29501 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1161  tyrosyl-tRNA synthetase  75.12 
 
 
402 aa  631  1e-180  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  72.35 
 
 
406 aa  608  1e-173  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1808  tyrosyl-tRNA synthetase  72.21 
 
 
405 aa  600  1e-170  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  57.61 
 
 
413 aa  462  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  52.24 
 
 
404 aa  427  1e-118  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  53.9 
 
 
398 aa  420  1e-116  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  52.74 
 
 
401 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  52.87 
 
 
401 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  52.14 
 
 
413 aa  417  9.999999999999999e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  53.48 
 
 
407 aa  413  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1723  tyrosyl-tRNA synthetase  53.25 
 
 
398 aa  404  1e-111  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543628  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  51.73 
 
 
406 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  52.33 
 
 
405 aa  398  9.999999999999999e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  51.74 
 
 
403 aa  392  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
408 aa  390  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  49.5 
 
 
413 aa  390  1e-107  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  51.02 
 
 
392 aa  385  1e-106  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
432 aa  382  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0058  tyrosyl-tRNA synthetase  49.75 
 
 
397 aa  380  1e-104  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  50.62 
 
 
438 aa  380  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
403 aa  377  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  49.14 
 
 
407 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  49.38 
 
 
403 aa  377  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  48.87 
 
 
398 aa  377  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0477  tyrosyl-tRNA synthetase  49.62 
 
 
396 aa  378  1e-103  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  48.75 
 
 
400 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
404 aa  377  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
403 aa  374  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  49.37 
 
 
398 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  47.12 
 
 
398 aa  374  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  49.47 
 
 
395 aa  372  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  48.74 
 
 
410 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  47.28 
 
 
395 aa  368  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  46.13 
 
 
421 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  49.5 
 
 
400 aa  370  1e-101  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  47.26 
 
 
392 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  46.13 
 
 
402 aa  367  1e-100  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  47.99 
 
 
410 aa  365  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  49.21 
 
 
399 aa  366  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 
421 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  46.31 
 
 
412 aa  363  2e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  48.37 
 
 
399 aa  363  2e-99  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  47.25 
 
 
401 aa  363  3e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2645  tyrosyl-tRNA synthetase  47.61 
 
 
410 aa  363  3e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0210517  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  48.37 
 
 
399 aa  363  4e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
403 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  48.49 
 
 
396 aa  362  9e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  48.52 
 
 
395 aa  360  2e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  47.01 
 
 
413 aa  360  2e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0576  tyrosyl-tRNA synthetase  47.99 
 
 
396 aa  360  2e-98  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 
404 aa  359  4e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  46.73 
 
 
413 aa  359  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1546  tyrosyl-tRNA synthetase  45.52 
 
 
410 aa  358  7e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.211898  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  46.73 
 
 
413 aa  358  7e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 
398 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2686  tyrosyl-tRNA synthetase  46.38 
 
 
405 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000803186  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3085  tyrosyl-tRNA synthetase  46.38 
 
 
407 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  45.5 
 
 
400 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  48.64 
 
 
395 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  47.13 
 
 
399 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  46.52 
 
 
413 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  46.52 
 
 
413 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  46.52 
 
 
413 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  46.52 
 
 
413 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  48.47 
 
 
401 aa  355  6.999999999999999e-97  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  45.48 
 
 
399 aa  355  6.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2206  tyrosyl-tRNA synthetase  47.43 
 
 
399 aa  355  6.999999999999999e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  46.52 
 
 
435 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1311  tyrosyl-tRNA synthetase  45.29 
 
 
388 aa  355  8.999999999999999e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000763452  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 
399 aa  355  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 
400 aa  354  1e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 
408 aa  354  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  46.02 
 
 
413 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  48.18 
 
 
396 aa  353  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000135795  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  46.72 
 
 
432 aa  353  2e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  45.02 
 
 
398 aa  354  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  48.79 
 
 
395 aa  353  2e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 
398 aa  354  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 
398 aa  354  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  48.71 
 
 
401 aa  353  2.9999999999999997e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1009  tyrosyl-tRNA synthetase  45.07 
 
 
403 aa  353  2.9999999999999997e-96  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  46.02 
 
 
454 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  46.27 
 
 
413 aa  353  4e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  49.07 
 
 
398 aa  353  4e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  49.21 
 
 
399 aa  353  4e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  46.85 
 
 
410 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 
398 aa  352  5e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
399 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  48.04 
 
 
413 aa  352  7e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  46.75 
 
 
397 aa  352  8e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  46.73 
 
 
399 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  46.38 
 
 
399 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  48.94 
 
 
397 aa  350  2e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  46.38 
 
 
399 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  46.4 
 
 
410 aa  350  3e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0006  tyrosyl-tRNA synthetase  46.55 
 
 
413 aa  350  3e-95  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.274156  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>