More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1808 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  75.56 
 
 
406 aa  635    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1808  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
405 aa  831    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0528  tyrosyl-tRNA synthetase  72.21 
 
 
405 aa  600  1e-170  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.445418  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0568  tyrosyl-tRNA synthetase  72.5 
 
 
405 aa  598  1e-170  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.74175  normal  0.29501 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0814  tyrosyl-tRNA synthetase  71.96 
 
 
405 aa  593  1e-168  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000175629  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  69.73 
 
 
405 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1161  tyrosyl-tRNA synthetase  67.92 
 
 
402 aa  564  1e-160  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  57.57 
 
 
413 aa  475  1e-133  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  53.28 
 
 
401 aa  413  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  51.64 
 
 
398 aa  409  1e-113  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  53.03 
 
 
401 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  50.91 
 
 
404 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  50.99 
 
 
406 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  52.11 
 
 
405 aa  395  1e-109  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1723  tyrosyl-tRNA synthetase  50.87 
 
 
398 aa  394  1e-108  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543628  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  49.49 
 
 
413 aa  392  1e-108  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  49.75 
 
 
407 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  51.73 
 
 
407 aa  394  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  52.28 
 
 
438 aa  389  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
432 aa  383  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  52.19 
 
 
392 aa  384  1e-105  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
410 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
410 aa  380  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 
400 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  48.25 
 
 
408 aa  376  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  48.12 
 
 
403 aa  375  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  48.12 
 
 
403 aa  375  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  47.38 
 
 
421 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  47.12 
 
 
421 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  48.59 
 
 
392 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  48.86 
 
 
398 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  48.13 
 
 
403 aa  372  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  47.97 
 
 
413 aa  369  1e-101  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  47.75 
 
 
413 aa  368  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  47.17 
 
 
412 aa  370  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  49.12 
 
 
399 aa  368  1e-101  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0477  tyrosyl-tRNA synthetase  48.74 
 
 
396 aa  368  1e-100  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  49.12 
 
 
399 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  47.64 
 
 
400 aa  365  1e-100  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  49.49 
 
 
395 aa  367  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0058  tyrosyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 
397 aa  366  1e-100  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  47.13 
 
 
404 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  46.88 
 
 
401 aa  364  2e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  48.13 
 
 
403 aa  363  4e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 
396 aa  363  4e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  48.76 
 
 
399 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  47.39 
 
 
404 aa  361  1e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  48.87 
 
 
399 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  47.25 
 
 
413 aa  360  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1094  tyrosyl-tRNA synthetase  45.34 
 
 
416 aa  359  4e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.63976  normal  0.992757 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 
432 aa  359  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  48.85 
 
 
399 aa  359  4e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  47.33 
 
 
400 aa  357  9.999999999999999e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  46.75 
 
 
395 aa  356  5e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  46.98 
 
 
413 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  46.48 
 
 
398 aa  355  5.999999999999999e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  46.68 
 
 
454 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 
395 aa  355  1e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  45.64 
 
 
402 aa  354  2e-96  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  46.9 
 
 
413 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  46.9 
 
 
413 aa  354  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  48.51 
 
 
399 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  47.96 
 
 
413 aa  353  4e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  46.65 
 
 
413 aa  352  5e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  48.09 
 
 
395 aa  352  5e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  46.65 
 
 
413 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  46.65 
 
 
413 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  48.26 
 
 
399 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  48.26 
 
 
399 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  46.63 
 
 
398 aa  352  7e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5905  tyrosyl-tRNA synthetase  45.98 
 
 
410 aa  352  8e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 
403 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  47.24 
 
 
413 aa  351  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  47.24 
 
 
413 aa  351  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  47.24 
 
 
413 aa  351  1e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  47.24 
 
 
413 aa  351  1e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  46.48 
 
 
416 aa  351  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  46.02 
 
 
398 aa  350  2e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  47.24 
 
 
435 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  47.81 
 
 
413 aa  350  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3822  tyrosyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 
404 aa  350  2e-95  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  46.91 
 
 
413 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1546  tyrosyl-tRNA synthetase  46.37 
 
 
410 aa  351  2e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.211898  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  46.91 
 
 
413 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02330  tyrosyl-tRNA synthetase  45.74 
 
 
403 aa  350  3e-95  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.083172  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0588  tyrosyl-tRNA synthetase  48.02 
 
 
403 aa  350  3e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00683761  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  47.51 
 
 
399 aa  349  5e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  46.78 
 
 
399 aa  349  6e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 
397 aa  349  6e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  46.6 
 
 
410 aa  349  6e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0611  tyrosyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 
410 aa  348  7e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1311  tyrosyl-tRNA synthetase  45.18 
 
 
388 aa  348  7e-95  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000763452  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  46.13 
 
 
400 aa  348  8e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  45.61 
 
 
424 aa  347  2e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  48.24 
 
 
399 aa  347  2e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  47.37 
 
 
398 aa  347  3e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  47.01 
 
 
399 aa  347  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  45.73 
 
 
416 aa  346  3e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  46.19 
 
 
401 aa  346  4e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2645  tyrosyl-tRNA synthetase  45.73 
 
 
410 aa  346  5e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0210517  normal  0.766307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>