More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1034 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
413 aa  840    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  57.82 
 
 
406 aa  480  1e-134  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1808  tyrosyl-tRNA synthetase  57.57 
 
 
405 aa  475  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  57 
 
 
406 aa  464  1e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0568  tyrosyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
405 aa  461  1e-129  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.74175  normal  0.29501 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0528  tyrosyl-tRNA synthetase  57.61 
 
 
405 aa  462  1e-129  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.445418  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  58.48 
 
 
401 aa  455  1e-127  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  58.97 
 
 
401 aa  456  1e-127  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  58.02 
 
 
432 aa  454  1.0000000000000001e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  58.85 
 
 
413 aa  454  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  57.36 
 
 
405 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  57.61 
 
 
404 aa  451  1e-125  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1161  tyrosyl-tRNA synthetase  56.47 
 
 
402 aa  448  1e-125  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  55.45 
 
 
407 aa  451  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  56.33 
 
 
407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  55.2 
 
 
400 aa  442  1e-123  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  58.52 
 
 
405 aa  439  9.999999999999999e-123  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0814  tyrosyl-tRNA synthetase  55.86 
 
 
405 aa  440  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000175629  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  54.36 
 
 
403 aa  435  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  53.62 
 
 
403 aa  433  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  55.53 
 
 
400 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  55.36 
 
 
438 aa  426  1e-118  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2686  tyrosyl-tRNA synthetase  53.94 
 
 
405 aa  422  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000803186  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  51.61 
 
 
403 aa  424  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3085  tyrosyl-tRNA synthetase  53.94 
 
 
407 aa  422  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  52.33 
 
 
408 aa  420  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1723  tyrosyl-tRNA synthetase  54.09 
 
 
398 aa  420  1e-116  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543628  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  50.5 
 
 
402 aa  419  1e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  53.3 
 
 
413 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  52.46 
 
 
421 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  53.3 
 
 
413 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  53.06 
 
 
454 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  53.3 
 
 
413 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  52.22 
 
 
413 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1546  tyrosyl-tRNA synthetase  50.12 
 
 
410 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.211898  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  53.3 
 
 
413 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  53.9 
 
 
413 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  53.3 
 
 
413 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  52.46 
 
 
413 aa  415  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  53.06 
 
 
413 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  53.33 
 
 
403 aa  412  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  52.38 
 
 
398 aa  414  1e-114  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  53.18 
 
 
392 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  53.06 
 
 
421 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  52.57 
 
 
413 aa  411  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  53.63 
 
 
399 aa  412  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  52.81 
 
 
413 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  52.7 
 
 
416 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  52.81 
 
 
413 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  52.57 
 
 
413 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  52.81 
 
 
413 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  51.24 
 
 
404 aa  412  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  53.63 
 
 
399 aa  411  1e-113  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  52.81 
 
 
435 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  50.37 
 
 
398 aa  408  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  53.55 
 
 
400 aa  409  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  52.87 
 
 
413 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  52.91 
 
 
432 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  52.21 
 
 
416 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3069  tyrosyl-tRNA synthetase  53.07 
 
 
413 aa  410  1e-113  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.498889  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  51.62 
 
 
397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  53.98 
 
 
396 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  53.96 
 
 
403 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  51 
 
 
395 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  51.48 
 
 
410 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  55.58 
 
 
399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  51 
 
 
398 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0576  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
396 aa  402  1e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  51.87 
 
 
398 aa  403  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  50.75 
 
 
397 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0477  tyrosyl-tRNA synthetase  50.75 
 
 
396 aa  402  1e-111  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  50.37 
 
 
424 aa  401  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  52.36 
 
 
404 aa  404  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0058  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
397 aa  402  1e-111  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  50.49 
 
 
410 aa  403  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  50.75 
 
 
399 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  51.37 
 
 
413 aa  400  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 
399 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
397 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1311  tyrosyl-tRNA synthetase  53.02 
 
 
388 aa  401  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000763452  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  49.38 
 
 
408 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  49.63 
 
 
398 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
397 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  51.4 
 
 
410 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  49.63 
 
 
398 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
397 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  50.62 
 
 
401 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  52.37 
 
 
399 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  48.38 
 
 
398 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2206  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
399 aa  395  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  48.62 
 
 
401 aa  395  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02330  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
403 aa  396  1e-109  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.083172  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  51.62 
 
 
399 aa  395  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000240526  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  49.75 
 
 
412 aa  398  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  52.12 
 
 
399 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  49.75 
 
 
397 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  48.38 
 
 
398 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  49.13 
 
 
398 aa  393  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  49.13 
 
 
398 aa  392  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
392 aa  394  1e-108  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>