More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3373 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
398 aa  818    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  66.67 
 
 
395 aa  557  1e-157  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2206  tyrosyl-tRNA synthetase  69.74 
 
 
399 aa  546  1e-154  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  64.81 
 
 
398 aa  546  1e-154  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  63.54 
 
 
399 aa  536  1e-151  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  60.75 
 
 
398 aa  512  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 
408 aa  498  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 
401 aa  498  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  61.07 
 
 
402 aa  490  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000157826  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  62.4 
 
 
399 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
399 aa  484  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  60.05 
 
 
404 aa  484  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  60.25 
 
 
403 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  59.75 
 
 
403 aa  483  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0648  tyrosyl-tRNA synthetase  58.79 
 
 
402 aa  479  1e-134  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  63.05 
 
 
399 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  57.86 
 
 
403 aa  474  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
399 aa  477  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  63.57 
 
 
399 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  60.61 
 
 
400 aa  476  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 
406 aa  476  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  63.05 
 
 
399 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  61.66 
 
 
403 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  62.02 
 
 
403 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  60.61 
 
 
399 aa  474  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  62.31 
 
 
399 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  57.61 
 
 
398 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  58.33 
 
 
401 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  57.57 
 
 
403 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  56.75 
 
 
413 aa  465  9.999999999999999e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  61.79 
 
 
399 aa  466  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  58 
 
 
399 aa  464  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  56.67 
 
 
397 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  58.21 
 
 
399 aa  459  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  56.22 
 
 
432 aa  461  9.999999999999999e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  57.97 
 
 
398 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  57.58 
 
 
395 aa  455  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  57.32 
 
 
395 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  58.1 
 
 
403 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 
408 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 
398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  57.36 
 
 
398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  59.44 
 
 
404 aa  454  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 
398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  57.65 
 
 
399 aa  451  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000021558  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  57.83 
 
 
399 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  56.47 
 
 
399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  57.72 
 
 
397 aa  450  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  56.89 
 
 
398 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02940  tyrosyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 
403 aa  450  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131327  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  56.64 
 
 
398 aa  451  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  59 
 
 
399 aa  450  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0618  tyrosyl-tRNA synthetase  54.41 
 
 
400 aa  450  1e-125  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  57.11 
 
 
398 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 
399 aa  449  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  57.22 
 
 
398 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  57.18 
 
 
407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  56.64 
 
 
398 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0484  tyrosyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 
401 aa  446  1.0000000000000001e-124  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  56.17 
 
 
403 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  53.71 
 
 
407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  55.64 
 
 
398 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  56.15 
 
 
399 aa  446  1.0000000000000001e-124  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  56.46 
 
 
397 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1407  tyrosyl-tRNA synthetase  53.9 
 
 
401 aa  442  1e-123  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.24138  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1287  tyrosyl-tRNA synthetase  53.9 
 
 
401 aa  442  1e-123  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000394175  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 
397 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  55.75 
 
 
396 aa  442  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000135795  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0720  tyrosyl-tRNA synthetase  54.68 
 
 
399 aa  442  1e-123  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0454  tyrosyl-tRNA synthetase  53.9 
 
 
401 aa  442  1e-123  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000282081  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  56.35 
 
 
399 aa  443  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000240526  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 
397 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 
397 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  55.42 
 
 
400 aa  438  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  53.75 
 
 
395 aa  438  9.999999999999999e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  54.29 
 
 
400 aa  439  9.999999999999999e-123  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  55.3 
 
 
401 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  55.3 
 
 
401 aa  435  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0499  tyrosyl-tRNA synthetase  56.01 
 
 
402 aa  436  1e-121  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.349459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2686  tyrosyl-tRNA synthetase  54.96 
 
 
405 aa  436  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000803186  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 
400 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0125  tyrosyl-tRNA synthetase  57.29 
 
 
418 aa  437  1e-121  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000022394  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3085  tyrosyl-tRNA synthetase  54.96 
 
 
407 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1094  tyrosyl-tRNA synthetase  54.07 
 
 
416 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.63976  normal  0.992757 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1280  tyrosyl-tRNA synthetase  52.49 
 
 
403 aa  433  1e-120  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.703778  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  53.9 
 
 
413 aa  434  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0300  tyrosyl-tRNA synthetase  56.86 
 
 
403 aa  434  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139945  normal  0.0172609 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  54.82 
 
 
413 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0142  tyrosyl-tRNA synthetase  57.03 
 
 
418 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000366869  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  56.57 
 
 
395 aa  432  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  52.62 
 
 
414 aa  432  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  55.81 
 
 
438 aa  433  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  53.81 
 
 
413 aa  428  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  54.09 
 
 
454 aa  425  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  52.67 
 
 
401 aa  426  1e-118  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 
413 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3069  tyrosyl-tRNA synthetase  54.66 
 
 
413 aa  424  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.498889  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  52.9 
 
 
421 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  54.36 
 
 
413 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  54.36 
 
 
413 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>