More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2971 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  89.92 
 
 		 398 aa  719    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  88.66 
 
 		 397 aa  719    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  89.42 
 
 		 398 aa  730    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  88.41 
 
 		 398 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  88.92 
 
 		 397 aa  722    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  88.16 
 
 		 398 aa  717    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  93.22 
 
 		 398 aa  766    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  89.42 
 
 		 397 aa  723    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  89.17 
 
 		 397 aa  724    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  88.16 
 
 		 398 aa  714    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  89.67 
 
 		 408 aa  734    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  89.92 
 
 		 398 aa  737    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 398 aa  809    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  88.92 
 
 		 397 aa  722    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  89.67 
 
 		 398 aa  735    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  88.44 
 
 		 399 aa  705    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  75.88 
 
 		 395 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  72.11 
 
 		 399 aa  597  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  73.62 
 
 		 395 aa  592  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  72.86 
 
 		 395 aa  587  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  69.35 
 
 		 399 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  70.35 
 
 		 395 aa  578  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  72.36 
 
 		 399 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  66.08 
 
 		 399 aa  560  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  64.57 
 
 		 400 aa  538  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  64.57 
 
 		 399 aa  540  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  63.13 
 
 		 399 aa  528  1e-149  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  64.19 
 
 		 401 aa  527  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  63.04 
 
 		 396 aa  524  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000135795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 407 aa  527  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 398 aa  525  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  62.88 
 
 		 399 aa  525  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  63.94 
 
 		 401 aa  522  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  62.81 
 
 		 399 aa  522  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  62.56 
 
 		 399 aa  520  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 399 aa  521  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 399 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 399 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 		 403 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  63.92 
 
 		 403 aa  515  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 399 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 403 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 399 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 399 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  60.8 
 
 		 399 aa  512  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000021558  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  62.18 
 
 		 401 aa  509  1e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  63.08 
 
 		 413 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  62.75 
 
 		 432 aa  502  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  63.01 
 
 		 402 aa  504  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000157826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  61.9 
 
 		 400 aa  503  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  58.23 
 
 		 397 aa  499  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  62.31 
 
 		 421 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  60.55 
 
 		 399 aa  501  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000240526  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  62.82 
 
 		 410 aa  501  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 413 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  62.82 
 
 		 392 aa  497  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 413 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  62.56 
 
 		 410 aa  496  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 413 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 		 413 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 435 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 		 413 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 		 454 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 		 413 aa  495  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 413 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  62.31 
 
 		 413 aa  494  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 413 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 		 413 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  62.88 
 
 		 413 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 413 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  62.88 
 
 		 413 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  61.87 
 
 		 416 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  61.79 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  61.54 
 
 		 424 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  59.6 
 
 		 400 aa  494  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 		 413 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  61.87 
 
 		 416 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  61.44 
 
 		 410 aa  487  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  58.33 
 
 		 395 aa  484  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  61.75 
 
 		 413 aa  482  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5905  tyrosyl-tRNA synthetase  60.05 
 
 		 410 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  61.32 
 
 		 403 aa  476  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 		 408 aa  475  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  57.64 
 
 		 398 aa  475  1e-133  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4106  tyrosyl-tRNA synthetase  60.2 
 
 		 414 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.11265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  58.04 
 
 		 398 aa  474  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0300  tyrosyl-tRNA synthetase  59.51 
 
 		 403 aa  468  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139945  normal  0.0172609 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0506  tyrosyl-tRNA synthetase  59.64 
 
 		 410 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0611  tyrosyl-tRNA synthetase  60.93 
 
 		 410 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  60.93 
 
 		 410 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 		 401 aa  464  1e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  56.03 
 
 		 398 aa  462  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  59.85 
 
 		 403 aa  462  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 		 404 aa  464  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4045  tyrosyl-tRNA synthetase  59.9 
 
 		 410 aa  464  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2645  tyrosyl-tRNA synthetase  59.64 
 
 		 410 aa  461  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0210517  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  56.28 
 
 		 399 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02940  tyrosyl-tRNA synthetase  57.82 
 
 		 403 aa  458  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131327  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  59.06 
 
 		 403 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  59.34 
 
 		 403 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>