More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1212 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  86.93 
 
 
397 aa  719    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
398 aa  810    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  88.19 
 
 
398 aa  713    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  86.93 
 
 
397 aa  718    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  94.72 
 
 
398 aa  764    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  86.93 
 
 
397 aa  719    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  88.66 
 
 
398 aa  731    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  90.7 
 
 
398 aa  731    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  88.19 
 
 
397 aa  727    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  94.22 
 
 
398 aa  759    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  88.44 
 
 
408 aa  733    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  88.69 
 
 
398 aa  735    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  89.42 
 
 
398 aa  730    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  87.44 
 
 
397 aa  718    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  88.44 
 
 
398 aa  733    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  85.43 
 
 
399 aa  683    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  74.37 
 
 
399 aa  611  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  72.61 
 
 
399 aa  604  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  76.32 
 
 
395 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  74.56 
 
 
395 aa  599  1e-170  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  74.56 
 
 
395 aa  597  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  72.61 
 
 
399 aa  569  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  69.02 
 
 
395 aa  568  1e-161  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  66.08 
 
 
399 aa  559  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  64.57 
 
 
399 aa  544  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  64.12 
 
 
401 aa  539  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  63.48 
 
 
399 aa  534  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  62.41 
 
 
399 aa  535  1e-151  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  63.87 
 
 
401 aa  534  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 
396 aa  533  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000135795  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  64.07 
 
 
407 aa  531  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  62.16 
 
 
399 aa  533  1e-150  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  63.16 
 
 
400 aa  534  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  63.73 
 
 
399 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  62.56 
 
 
399 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  62.97 
 
 
399 aa  524  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  62.06 
 
 
403 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  63.22 
 
 
399 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  61.96 
 
 
399 aa  522  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  61.21 
 
 
399 aa  522  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000021558  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  61.21 
 
 
398 aa  523  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  62.97 
 
 
399 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  61.81 
 
 
403 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  63.54 
 
 
410 aa  520  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 
413 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 
399 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  62.53 
 
 
410 aa  513  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  63.08 
 
 
392 aa  509  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  63.24 
 
 
410 aa  508  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  62.97 
 
 
432 aa  511  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  62.72 
 
 
421 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  62.47 
 
 
403 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  60.3 
 
 
399 aa  510  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000240526  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  62.37 
 
 
413 aa  511  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 
397 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
413 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
413 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
413 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
413 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
435 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  61.9 
 
 
454 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  62.21 
 
 
421 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  62.28 
 
 
402 aa  501  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000157826  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  61.25 
 
 
416 aa  501  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
413 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
413 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  62.41 
 
 
413 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  62 
 
 
413 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  62.41 
 
 
413 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  61 
 
 
400 aa  503  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  61.25 
 
 
416 aa  501  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  61.75 
 
 
413 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  61.5 
 
 
413 aa  498  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  61.75 
 
 
413 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  60.1 
 
 
401 aa  499  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  61.75 
 
 
413 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  59.4 
 
 
398 aa  497  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
424 aa  497  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 
400 aa  493  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5905  tyrosyl-tRNA synthetase  60.3 
 
 
410 aa  489  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
413 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4106  tyrosyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
414 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.11265  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0506  tyrosyl-tRNA synthetase  60 
 
 
410 aa  483  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  57.97 
 
 
395 aa  479  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 
398 aa  479  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  57.53 
 
 
408 aa  475  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  60.87 
 
 
403 aa  477  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  58.88 
 
 
401 aa  478  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0611  tyrosyl-tRNA synthetase  61.18 
 
 
410 aa  476  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  61.18 
 
 
410 aa  475  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  60.79 
 
 
403 aa  473  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 
404 aa  472  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  57.89 
 
 
399 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4045  tyrosyl-tRNA synthetase  59.6 
 
 
410 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  59.39 
 
 
403 aa  462  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  57.32 
 
 
398 aa  464  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2645  tyrosyl-tRNA synthetase  59.09 
 
 
410 aa  464  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0210517  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0300  tyrosyl-tRNA synthetase  58.15 
 
 
403 aa  461  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139945  normal  0.0172609 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  59.08 
 
 
403 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0728  tyrosyl-tRNA synthetase  58.4 
 
 
414 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>